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分居三年可以申请离婚，但不能自动离婚，夫妻双方自愿离婚并对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致，双方亲自到婚姻登记机关申请离婚登记；或者向人民法院提出离婚诉讼。
依据我国法律规定，双方感情破裂，可以直接办理离婚手续，如果双方对财产分割、子女抚养等达不成一致意见的，可起诉到法院离婚。对于分居多久才可以离婚，法律是没有规定，不论分居多长时间，如果双方都不提出离婚，婚姻不会自动解除的。如果起诉到法院离婚，分居满两年，法院会支持离婚。
婚姻关系只能通过离婚登记或者法院判决或调解的方式解除。分居不管时间多长，都不能自动解除婚姻关系。但是，按照婚姻法的规定，夫妻因感情不和分居满二年，则构成夫妻感情确已破裂，在诉讼中，如果调解不成，应当判决准予离婚。但是非因感情不和而分居的，不能适用该项规定。换种方式来说，未办理法律规定的离婚手续，分居多久都不会自动离婚。办理离婚手续，如果双方可以协商，就到民政部门协议离婚，领取《离婚证》，如果无法协商，就到法院起诉离婚。
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