公司与普通合伙企业的主要区别如下：
1. 公司具有独立法人资格，普通合伙企业缺乏独立法人资格，为无权力能力之社团。在我国，公司领取《企业法人营业执照》，普通合伙企业领取《营业执照》。
2. 公司以其全部财产独立对公司债务承担无限清偿责任，股东原则上不对公司债务承担清偿责任。普通合伙企业不能以合伙财产独立对其债务负责，全体合伙人以各自全部财产对企业债务承担无限连带责任。
3. 公司全部财产属公司所有，而非股东共有，投资者向公司缴纳股权出资后，换回对公司的股权，但丧失对出资财产的所有权，公司运营资产的全部收益归公司所有，股东对公司享有分红权。
普通合伙企业财产属于合伙人共有，由全体合伙人共同管理和使用，合伙人对执行合伙事务享有同等权利。
4. 公司治理结构包含股东会（遵循一股一票与资本多数决规则）、董事会（遵循一人一票与人头多数决规则）和监事会等分权制衡的公司机关；董事长、执行董事或经理担任公司法定代表人，股东原则上（一人公司和小微公司除外）不能直接越过公司机关直接执行公司事务。
普通合伙企业合伙人对执行合伙事务享有同等权利，按合伙协议约定或经全体合伙人决定，可委托一个或数个合伙人对外代表合伙企业，执行合伙事务;作为合伙人的法人、其他组织执行合伙事务的，由其委派代表执行（《合伙企业法》第26条）；委托一个或数个合伙人执行合伙事务的，其他合伙人虽不再执行合伙事务，但有权监督执行事务合伙人执行合伙事务的情况（《合伙企业法》第27系）。合伙企业对合伙人执行合伙事务以及对外代表合伙企业权利的限制，不得对抗善意第三人（《合伙企业法》第37条）。
5. 公司股东会作出决策时，决定重大问题时，遵循一股一票与资本多数决原则；
合伙人依法或按合伙协议对普通合伙企业有关事项作出决议时，除《合伙企业法》另有规定或合伙协议另有约定外，合伙人按照约定表决办法办理。合伙协议未约定或约定不明确的，实行合伙人一人一票并经全体合伙人过半数通过的表决办法（《合伙企业法》第30条）。一人一票决策机制的理念在于，全体合伙人无论岀资多寡，均对普通合伙企业债务承担无限连带清偿责任。为强化合伙人自我保护，立法者有必要赋予每个合伙人平等的表决权。
6. 公司的创设基础是公司章程。公司章程之修改或补充作为股东会特别决议事项，须经出席股东大会股东所持表决权2/3以上通过（《公司法》第43条第2款、第103条第2款），不需全体股东一致同意。
普通合伙企业的创设基础是合伙协议。除合伙协议另有约定外，修改或补充合伙协议，应经全体合伙人一致同意（《合伙企业法》第19条第2款）。
7. 股东向股东以外第三人转让股权的自由度高于合伙人向合伙人以外第三人转让普通合伙企业财产份额的自由度。例如，有限责任公司股东对外转让股权时，须经其他股东过半数同意（《公司法》第71条第2款）；股份公司股东对外转让其出资时，则无此限制，除非上市公司章程另有规定。而合伙人对外转让其在普通合伙企业中的财产份额时，除合伙协议另有约定外，须经其他合伙人一致同意（《合伙企业法》第22条第1款）。
8. 合伙人的诚信义务重于股东。股东以其认缴出资为限对公司债务负责。
9. 公司股东不得退股，而合伙人可依法定条件和程序退伙。
10. 税收待遇不同。与国际惯例接轨，我国对公司采取双层征税原则，即对公司和股东分别征税。公司缴纳公司所得税，股东取得股利后缴纳个人所得税。我国不对合伙企业本身征税，仅对取得投资回报的合伙人征收个人所得税。
11. 企业透明度不同。普通合伙企业比公司更具私密性。任何公司都要满足信息披露制度要求，公示年报。公司信息披露制度更严格。而合伙企业信息披露制度宽松得多。合伙企业的私密性对合伙人颇具吸引力。
12. 企业对债权人的信用担保基础不同。公司对外的信用担保基础在于公司资产实力，而非股东个人的财富或信誉。股东原则上不对公司债权人承担无限连带清偿责任。公司法的主要使命在于,构筑债权人安全网。资本确定原则、资本维持原则、资本不变原则和法定最低注册资本原则应运而生。而合伙企业对外的信用担保基础在于全体合伙人的无限连带清偿责任。
13.股东间的人合性色彩要淡于合伙人。股东有限责任待遇决定了股东不对公司债务承担连带责任。除非上市公司章程或者股东协议另有相反约定，公司尤其是股份公司之设立与存续无需股东间的高度信赖、血缘关系、利益纽带与感情默契。由于合伙人对合伙债务承担连带清偿责任，合伙企业之设立与存续依赖于合伙人的品德、人格、信用及相互信赖。新合伙人人伙可带来更多的资本、智慧、资源和活力，对现有合伙人固然有利，但美中不足的是，新合伙人的加人意味着现有合伙人潜在法律风险的增加。由于合伙人的自我保护本能，虽《民法通则》与《合伙企业法》未规定合伙人数上限，实践中的合伙人数量一般是有限的。合伙企业之设立、入伙与退伙，实际上是合伙人相互选择、彼此磨合、建立互信的过程。
