不起诉和撤销案件是刑事诉讼中两种不同的结案方式，主要区别如下：
1. 适用阶段不同。
撤销案件：发生在侦查阶段，由公安机关或检察机关在立案后发现不符合追诉条件时作出。不起诉：发生在审查起诉阶段，由检察机关对公安机关移送的案件或自行侦查的案件进行审查后决定。
2. 决定主体不同。
撤销案件：由公安机关（县级以上负责人批准）或检察机关作出。
3. 适用条件不同。
撤销案件：必须是不应当追究刑事责任的法定情形，如没有犯罪事实、情节显著轻微不构成犯罪、已过追诉时效、经特赦令免除刑罚、犯罪嫌疑人死亡等。公安机关在此阶段无裁量权，必须撤案。不起诉：分为三类：其一是法定不起诉，与撤案条件相同，无犯罪事实或程序障碍；其二是酌定不起诉，犯罪情节轻微，依照刑法不需要判处刑罚或可免除刑罚（如自首、立功、退赔谅解等），检察院有裁量权；其三是证据不足不起诉，经两次补充侦查后，仍证据不足、事实不清，无法达到起诉标准。
4. 法律意义与后果不同。
撤销案件：具有明显的纠错性质，意味着侦查程序彻底终止，犯罪嫌疑人不再被追究刑事责任，且需解除强制措施、返还财物等，若后续发现新证据，可重新立案。不起诉：除法定不起诉外，酌定不起诉和证据不足不起诉更多体现从宽处理或程序性终结。被不起诉人一般不被追究刑事责任，但酌定不起诉可能因新证据重新起诉；证据不足不起诉在发现新证据后也可重新起诉。
5. 实务操作不同。
争取难度：撤案需证明完全无罪或不构成犯罪，难度极高；不起诉（尤其是酌定不起诉）可通过退赃退赔、取得谅解、认罪认罚等方式积极争取，成功率更高。案底影响：两者都不会留下犯罪记录，可开无犯罪证明，但流程不同。撤案由公安直接结案；不起诉由检察院出具文书，公安无需再撤案。
总之，撤案是侦查阶段的“彻底终结”，不起诉是审查起诉阶段的“程序性终结”，两者在阶段、主体、条件和后果上均有明显区别。