建设工程施工合同因违反招投标法规而无效，合同履行过程中双方达成的结算工程价款补充协议的效力认定在司法实践中的认定：

    甲已双方未经法定招投标程序签订《建设工程施工合同》，约定乙公司承建涉案工程，甲公司未按照约定支付进度款，合同履行过程中，双方签订《补充协议》，载明乙公司完成工程量价款1000万元，甲公司应于2个月内支付价款并支付利息至实际支付价款之日。后甲公司未支付该款项导致诉讼。诉讼中，甲公司抗辩因主合同无效，补充协议也应无效。

    甲方的抗辩理由依据为最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第一条，建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当依据《民法典》第一百五十三天第一款的规定，认定无效：（1）承包人未取得建筑业企业资质或者超越资质等级的；（2）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；（3）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。因为承发包双方签订的《建设工程施工合同》因违反招投标法律的强制性规定而无效，当事人在施工合同履行过程中作为主合同的补充协议当然无效。

    但在司法实践中，关键还是要综合分析协议内容所反映出来的当事人之间权利义务关系性质及施工合同之间的法律关系，并不以是否冠以“补充协议”而简单认定二者的主从关系。

    如果协议内容属于承发包双方对既存债权债务关系的清理，则具有独立性，根据《民法典》第五百六十七条的规定：“合同的权利义务终止，不影响合同中结算和清理调款的效力”。同时，从诚实信用原则出发，亦不应扩大合同无效后果边界从而导致当事人利益失衡。因此，《补充协议》不因《建设工程施工合同》无效而必然无效。