公章印文与样本印章公文不一致的司法鉴定意见书，根据鉴定意见书注意事项的探讨：
一、a有限公司单方委托司法鉴定是否是重新鉴定的法定事由？
单方委托司法鉴定并非是重新鉴定的法定事由。根据民事诉讼法和最高法院关于民事诉讼证据的规定，只有申请人提供证据的鉴定结论确有瑕疵、错误或鉴定程序不合法的情况下，才能启动重新进行司法鉴定。否则简单重复的司法鉴定程序不仅是对有限的社会资源和社会资源的浪费，而且会对当事人的合法权益产生损害。如果我方提不出重新启动鉴定的证据有可能驳回我方重新鉴定的申请。
二、我方是否有必要自行申请鉴定？
既然单方委托司法鉴定并非重新鉴定的法定事由，那么有很大的风险仲裁机构认定鉴定意见书，所以我方应当自行申请鉴定。
理由如下：
（1）我方应找出对方曾经使用过的公章与《协议书》的公章作对比。
（2）若无法找出曾经使用的公章，应该找出现有的多处公章。如向仲裁机构提供的章，单方申请鉴定章等等，若《协议书》中的章与现有章中有一枚是一致的则说明，我方章是真章。若《协议书》中的章和其它章都不一致，且其它章都不一致的情况下，说明对方存在很多章，并不能直接确定我方章是假的。