建设施工合同履行过程中，主要的纠纷有施工合同主体纠纷、工期纠纷、工程款纠纷、质量纠纷、合同变更和解除纠纷以及建设工程分包合同纠纷。以上纠纷中，发包人与承包人的违约责任，在建设工程施工合同中往往已有约定，法律亦有明确规定，相对较为简单。需要注意的是合同外的索赔。

一般来说，索赔分工期索赔和经济索赔两种。

工期索赔，即由于非承包商自身原因造成拖期的，承包商要求业主延长工期，推迟竣工日期，避免违约误期罚款等形成的索赔。

经济索赔，主要表现为承包人要求业主补偿费用损失，调整合同价格，弥补经济损失。经济索赔一般会考虑人工费、材料费、机械费用以及管理费用的增加。

索赔，可以就某一事件提出单项索赔，也可以进行综合索赔。

单项索赔是指：在影响建设工程施工合同正常运行的干扰事件发生时或发生后，由合同管理人员或代理律师立即处理，并在合同规定的索赔有效期内向业主或监理工程师提交索赔要求和报告。

综合索赔是指：工程竣工前和工程移交前，承包人或发包人将工程实施过程中因各种原因未能及时解决的单项索赔集中起来进行综合考虑，提出一份综合索赔报告，由合同双方在工程交付前后进行最终谈判，以一揽子方案解决索赔问题。

建设施工合同中承包人可向发包人提起索赔的项目有：

发包人拖延交付合格的施工场地及道路，拖延接通能够满足施工需要的水电气。

发包人拖延交付规定数量的图纸和相关资料。

发包人未及时取得合法证照或办理相关审批手续导致的延误。

发包人或工程师拖延审批图纸、施工方案、计划等。

发包人拖延支付工程预付款、材料设备款、工程进度款、工程签证款、工程结算款、工程保修款等。

发包人未能及时提供合同规定的材料或设备(甲供不及时)。

发包人拖延关键线路上工序(包括中间、隐蔽工程)的验收时间，造成承包人下道工序施工延误。

发包人拖延竣工验收造成承包人费用增加。

发包人或工程师发布指令延误，或发布的指令打乱施工计划。

发包人设计变更、设计错误或业主、工程师错误的指令或提供错误的数据等造成工程修改、返工、停工或窝工等。

发包人原因暂停施工导致的延误。

发包人对工程设计、施工、材料的质量要求超出原合同的约定。

发包人增加额外工程或设计变更或要求修改图纸。

发包人要求减少合同中约定的工程量

发包人要求工程加速。

发包人指定的分包商违约或延误。

发包人的其他变更指令导致工期延长及/或费用增加等。

人力不可抗拒的自然灾害导致的延误(如恶劣气候，一周内非承包人原因停水、停电、停气造成停工累计超过合同约定的时间)。

特殊风险如政府命令、战争、叛乱、罢工、革命、核装置污染、烈性传染病暴发等造成的延误。

不利的施工条件(地质变化，如溶洞)引起的延误等。

合同缺陷、物价(人工、材料、机械费)上涨、国家法令政策变动(如搅拌砼变为商砼、增加或提高新的税费、颁布新的外汇管制条例等)、货币贬值(承包人蒙受较大的汇率损失)等。

因文物和地下障碍物(如发现未知地下供水管道)导致的延误。

因发包人原因造成承包人、分包商的额外损失。

合同延期导致机会利润损失以及合同终止带来预期利润损失。