分居两年的，可以选择协议离婚或者诉讼离婚。如果双方协商一致后，可持双方的离婚协议书、结婚证、身份证、户口本到一方常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚手续。

一、分居两年如何申请离婚

1、分居两年的，可以选择协议离婚或者诉讼离婚。如果双方协商一致后，可持双方的离婚协议书、结婚证、身份证、户口本到一方常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚手续。若是一方不同意离婚的，或者签了离婚协议后反悔不履行的，另一方可以向法院提起诉讼离婚。

2、法律依据：

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

二、分居两年能否自动离婚,怎样算分居两年

夫妻因感情不合分居满两年的，调解无效，应准予离婚。根据上述法律规定，分居两年还需具备：分居强调的是夫妻双方互不履行夫妻义务，而不是单方面的不履行家庭义务;分居的原因必须是感情破裂而分居;因感情破裂而分居两年，但经调解没有和好可能的。重婚或有配偶者与他人同居的;实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的;有赌博、吸毒等恶习屡教不改的;因感情不和分居满二年的;其他导致夫妻感情破裂的情形;一方被宣告失踪，另一方提出离婚诉讼的，应准予离婚。