在政府投资建设项目中，“以政府审计为准”条款对施工企业明显不公平，并且成为迟延支付工程款的合法借口，严重损害承包人的合法利益，以审计结果为结算依据”的主要相关法律和法规等如下：
1、2001年4月，最高人民法院《关于建设工程承包合同案件中双方当事人已确认的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何适用法律问题的电话答复意见》（〔2001〕民一他字第2号）认为，审计是国家对建设单位的一种行政监督，不影响建设单位与承建单位的合同效力。建设工程承包合同案件应以当事人的约定作为法院判决的依据。只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据或者合同约定不明确、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。
2、2008年5月，最高人民法院《关于人民法院在审理建设工程施工合同纠纷案件中如何认定财政评审中心出具的审核结论问题的答复》（2008）民一他字第4号规定：“财政部门对财政投资的评定审核是国家对建设单位基本建设资金的监督管理，不影响建设单位与承建单位的合同效力及履行。但是，建设合同中明确约定以财政投资的审核结论作为结算依据的，审核结论应当作为结算的依据。”
3、2015年5月，《2015年全国民事审判工作会议纪要》“49、依法有效的建设工程施工合同，双方当事人均应依约履行。除合同另有约定，当事人请求以审计机关作出的审计报告、财政评审机构作出的评审结论作为工程价款结算依据的，一般不予支持。合同约定以审计机关出具的审计意见作为工程价款结算依据的，应当遵循当事人缔约本意，将合同约定的工程价款结算依据确定为真实有效的审计结论。承包人提供证据证明审计机关的审计意见具有不真实、不客观情形，人民法院可以准许当事人补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法纠正审计意见存在的缺陷。上述方法不能解决的，应当准许当事人申请对工程造价进行鉴定。”
4、2017年6月，全国人民代表大会常务委员会法制工作委员会《关于对地方性法规中以审计结果作为政府投资建设项目竣工结算依据有关规定提出的审查建议的复函》（法工备函〔2017〕22号）中意见，“地方性法规中直接以审计结果作为竣工结算依据和应当在招标文件中载明或者在合同中约定以审计结果作为竣工结算依据的规定，限制了民事权利，超越了地方立法权限，应当予以纠正。”
5、根据《保障中小企业款项支付条例（2025修订）》（国务院令第802号）第12条规定：机关、事业单位和国有大型企业不得强制要求以审计机关的审计结果作为结算依据，法律、行政法规另有规定的除外。第九条 机关、事业单位从中小企业采购货物、工程、服务，应当自货物、工程、服务交付之日起30日内支付款项；合同另有约定的，从其约定，但付款期限最长不得超过60日。大型企业从中小企业采购货物、工程、服务，应当自货物、工程、服务交付之日起60日内支付款项；合同另有约定的，从其约定，但应当按照行业规范、交易习惯合理约定付款期限并及时支付款项，不得约定以收到第三方付款作为向中小企业支付款项的条件或者按照第三方付款进度比例支付中小企业款项。法律、行政法规或者国家有关规定对本条第一款、第二款付款期限另有规定的，从其规定。
6、最高人民法院巡回法庭在《最高人民法院第六巡回法庭裁判规则》中关于【建设工程合同约定以审计部门出具的审计报告或者结论作为工程价款结算依据的，该如何理解和把握】的问题中认为：“建设工程合同约定以审计部门出具的审计报告或者结论作为工程价款结算依据，发包人未按约报请审计部门对工程价款进行审计的情况下，以未经审计部门审计为由拒付工程价款的，人民法院不予支持，如果审计部门未在合理期限内进行审计或者出具审计报告或结论，或者有证据证明审计结论明显不当的，承包人有权对未经审计以及缺少审计结论的工程价款或审计结论错误的工程价款申请司法鉴定。”河北省高院2023年审理指南明确：发包人一年内未提交审计或评审部门，承包人可申请司法鉴定。
7、《政府投资项目审计规定》第九条规定：“审计机关对列入年度审计计划的竣工决定审计项目，一般应当在审计通知书确定的审计实施日起3个月内出具审计报告，确需延长审计期限时，应当报经审计计划下达机关批准。”
8、《基本建设财务规则》[财政部令第81号] 第六章工程价款结算管理第二十八条规定，项目建设单位应当严格按照合同约定和工程价款结算程序支付工程款。竣工价款结算一般应当在项目竣工验收后2个月内完成，大型项目一般不得超过3个月。