最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据，其适用前提应为备案的中标合同合法有效，无效的备案合同并非当然具有比其他无效合同更优先参照适用的效力。虽经过招投标程序并在建设行政主管部门备案的“备案合同”因违反法律、行政法规的强制性规定而无效，并不存在适用《建设工程施工合同司法解释》规定的前提，在当事人存在多份施工合同且均无效的情况下，一般应参照符合当事人真实意思表示并实际履行的合同作为工程价款结算依据；在无法确定实际履行合同时，可以根据两份争议合同之间的差价，结合工程质量、当事人过错、诚实信用原则等予以合理分配。
但是，如果存在多份无效合同的情况下，当事人基于无效合同达成结算单或结算协议的，系双方当事人的真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等撤销事由的，应认定该结算单有效。结算协议具有独立性，系双方当事人对工程款债权债务的清理，可以认可其效力。