律师观点分析
一、备案合同合法有效，应作为结算的主要依据。
原告中标且备案，应按备案合同结算工程款，无论是否是必须招标的合同。被告提交的《施工合同》被签订在后的备案合同所变更，有冲突之处以后合同为准。补充协议不是原告的真实意思表示，只是被告的单方意思表示。因被告对原告的新要约未承诺而合同不成立，对双方没有法律约束力。但作为证据可证明双方是认可备案合同，补充协议是备案合同的补充。并且，双方在补充协议增加内容和双方结算时争议基本一致，都是双方一直以来无法达成一致的。备案合同合法有效，签订时间在后，且经过备案，不存在无效事由，是双方真实意思表示，且实际履行，应作为主要的结算依据。但是，法院对此未予认定。
二、非因原告方X因增加的费用均应由被告承担。
在河南省大气污染治理“史上最严管控”期间，因政策性停产，建筑材料因供应不足而价格大幅上涨，人工劳务费也因长期的停窝工、河南省2016 定额的实施等原因而大幅提高。按照现行计价规范，是属于甲方风险，应由被告承担，而不是由无辜的原告方承担。建筑施工是劳动密集型的XXX，原告作为施工企业根本无力承担、也不应承担因此产生的巨额费用。
三、被告应支付工程欠款利息
依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（一）被告依法应从竣工验收之日起支付欠付工程款的利息。
四、因双方差异较大，原告申请进行造价鉴定。