出卖人仅以增值税专用发票及税款抵扣资料证明其已经履行交付标的物义务，买受人不认可的，出卖人应当提供其他证据证明交付标的物的事实。合同约定或者当事人之间习惯以普通发票作为交付凭证，买受人以普通发票证明已经履行付款义务的，法院通常会支持，但有相反的证据足以推翻的除外。

根据《发票管理办法》第3条之规定，以销售项目性质和纳税主体资格为标准，发票通常分为增值税专用发票和普通发票。前提一般可以抵扣，后者不能。

实践中，对于增值税专用发票是否可以作为认定合同关系、交付标的物、欠款数额的依据。本文主要探讨增值税是否可以作为认定双方存在合同关系、交付标的物及欠款数额的依据

增值税发票虽非合同，但如果接受发票一方已经将增值税发票抵扣或者通过认证，在接受方未能作出合理解释或者举证证明的情况下，就可以推定实际接受了发票开列的货物，依据《国家税务局关于加强增值税征收管理工作的通知》（国税发【1995】15号）以及《国家税务局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发【2003】17号）之规定同时结合《民事诉讼法》所采取的高度盖然性的证明标准，对证据的证明标准并不要求具有绝对的、排他的证明效力。

因此，当事人在签订合同后，在履行合同过程中交接手续不完备的情况下，买方将卖方出具的增值税专用发票已经进行认证或抵扣却否认收到供货，在其不能做出合理解释或者举证证明的情况下，认定卖方履行了供货义务是符合我国的证据规则的本意的。

而依据最高人民法院《关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》之规定，增值税发票不能起到物权凭证的作用，一般不能将增值税专用发票及税款抵扣资料单独作为交付标的物、支付货款的证据予以认定，还应当根据当事人的约定、商业惯例、交易习惯或其他证据来综合加以认定，不论是出卖人还是买受人，都不应当也不能将增值税专用发票作为唯一的证据，都应当竭尽全力提供其他证据，或者间接证据且能与增值税专用发票相互佐证，或者为直接证据证明事实的存在。