根据司法实践及婚姻法司法解释的相关规定，对夫妻共同开办的公司根据其性质股份情况分别进行以下处理：

1、如果设立的公司股东仅为夫妻二人，双方可以请求重新分割股份，双方继续经营该公司;也可以经双方同意，一方将其享有的股份转让给第三人，取得转让收益，另一方继续持有公司股份;

双方既不能继续共同经营该公司，也不能协商一致将一方股份转让给第三人，或因无第三人愿意受让而转让不能，则依公司法相关规定对公司进行解散清算，双方可对清算后的剩余财产依法进行分割。

2、夫妻共同财产中以一方名义在有限责任公司的出资额，另一方不是该公司股东的，按以下情形分别处理：

(1)、夫妻双方协商一致将出资额部分或者全部转让给该股东的配偶，过半数股东同意、其他股东明确表示放弃优先购买权的，该股东的配偶可以成为该公司股东;

(2)、夫妻双方就出资额转让份额和转让价格等事项协商一致后，过半数股东不同意转让，但愿意以同等价格购买该出资额的，人民法院可以对转让出资所得财产进行分割。

过半数股东不同意转让，也不愿意以同等价格购买该出资额的，视为其同意转让，该股东的配偶可以成为该公司股东。

3、夫妻以一方名义投资设立独资企业的，人民法院分割夫妻在该独资企业中的共同财产时，应当按照以下情形分别处理：

(1)、一方主张经营该企业的，对企业资产进行评估后，由取得企业一方给予另一方相应的补偿;

(2)、双方均主张经营该企业的，在双方竞价基础上，由取得企业的一方给予另一方相应的补偿;

(3)、双方均不愿意经营该企业的，按照《中华人民共和国个人独资企业法》等有关规定办理。