行政附带民事诉讼的诉讼原则方面的冲突主要表现在以下方面：

行政诉讼作为一种诉讼活动.既有一些与民事诉讼共同适用的诉讼基本原则，也有许多特有的诉讼原则，有其自身的客观规律和特殊要求。行政附带民事诉讼把两种诉讼纳人同一诉讼程序中并案审理，也就同时把各自特有的诉讼原则移植到同一程序中，这样势必造成行政附带民事诉讼在适用法律原则上的相互抵触和矛盾。为保证法律的统一，正确指导行政附带民事诉讼的解决和处理.必须明确和协调两种不同诉讼原则在行政附带民事诉讼中的不同运用。适用处分原则上的冲突与协调。在行政诉讼中，作为被告的行政机关不享有实体权利的处分权，因为其进行的是行政管理活动，所作出的具体的行政行为，是国家意志的行为，即代表国家履行职责，行政机关不能自由处分国家赋予的权力。

在民事诉讼活动中，当事人均享有实体上的处分权，原告可以放弃或变更自己的诉讼请求，被告也可以放弃、转让、变更自己的实体民事权益。然而，在行政附带民事诉讼中，对行政机关已作出行政裁决的民事争议部分当事人能否自行处分，我想这是肯定的。也就是说，对于附带民事诉讼部分，仍应适用民事诉讼当事人自由处分原则。法律赋予行政机关主管部分民事争议的职权和职责，并不排除民事争议双方当事人在不违反法律法规规定情况下对民事权益的自由处分权，人民法院在审理行政附带民事案件时，一方面，不能要求行政机关对依法作出的具体行政行为作出某些让步，以求得争议的解决;另一方面，也不能以行政机关已作裁决而限制当事人就有关民事争议部分的处分权利，应允许附带民事诉讼当事人作出有关让步，放弃或部分放弃自己的合法权益。在适用调解和反诉原则上的冲突与协调。调解是民事诉讼中人民法院审理民事案件所应遵循的一项基本原则。而在行政诉讼中，人民法院审理行政案件则不适用调解原则，即不能适用调解为审理方式和结案方式，而应由人民法院在查明事实、分清是非的基础上依法作出公正裁判。那么在行政附带民事诉讼中，即然当事人对民事争议部分有处分权，人民法院便可就附带民事诉讼部分主持调解。总之，行政附带民事诉讼既不同于一般的行政诉讼，也不同于单独的民事诉讼，其更具有复杂性，有必要从理论到实践作进一步深入的探索和研究。