我国《民法通则》第一百三十五条规定，“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。”第一百三十七条规定，“诉讼时效期间从知 道或者应当知道权利被侵害时起计算。”在职务发明奖励报酬纠纷中，在诉讼时效的起算点问题上存在诸多争议，问题的实质即归结于如何认定职务发明人“知道或者应当知道权利被侵害”。在司法实践中，各法院的标准不一致。

对此我们认为，职务发明奖励报酬纠纷中的时效问题应当做如下区分。

    1、单位与发明人之间存在有效的约定。

    则应当按照约定的内容，以约定的支付报酬的期限届满日为职务发明奖励报酬纠纷时效的起算点。

    2、单位与发明人之间不存在有效的约定

    则需要区分职务发明人诉讼请求中请求支付 的是奖励还是报酬。

    《专利法实施细则》第七十六条规定，奖金应当自专利权公告之日起3个月内发给发明人或者设计人。因此如果在专利权公告之日起3个月届满后，单位仍没有支付奖金，则应当推定职务发明人知道或者应当知道权利被侵害，启动其追索奖金的诉讼时效。

    《专利法实施细则》第七十八条规定，被授予专利权 的单位在专利有效期限内，实施发明创造专利后，每年应当从实施发明的营业利润中提取一定的比例，作为报酬支付给发明人。因此如果在发明实施后满一年的情况下单位并没有支付当年应付的报酬，则应启动追索报酬的诉讼时效。

    但是职务发明奖励报酬纠纷的特殊性在于，发明人与单位之间通常存在劳动关系，这一具有依附性质的法律关系导致了发明人在劳动关系存续期间向单位主张权利的过程中存在顾虑。因此，在时效认定方面也应当充分考虑发明人奖励报酬纠纷本身的特殊性，否则《专利法》、《专利法实施细则》所欲实现的奖励发明人、提高职务发明人的积极性、鼓励发明创造、促进科学进步和创新等立法目的将难以实现。对此，在诉讼时效的问题上应当做灵活处理。即可以依据案情，针对单位在发明人离职前应当向其支付的奖励报酬而实际上未支付的，以离职之日为诉讼时效的起算点。而追索在劳动人事关系终止后单位应当支付奖励报酬的，诉讼时效的计算则按照上述区分进行。