本罪与非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪的界限

此三罪相同之处都是与土地资源有关;并且在主观方面均表现为故意。不同之处表现为:(1)侵害的客体不同。非法占用耕地罪的客体是对耕地的法律保护制度;而非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪所侵害的客体均为国家机关工作人员职务行为的廉洁性和正当性。
2)客观方面不同。非法占用耕地罪在客观上表现为违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的行为，而非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪在客观上都表现为徇私舞弊，违反土地管理法规，滥用职权。通常表现为弄虚作假，欺上瞒下，掩盖事实真相;或违反《土地管理法》等有关土地管理法规中关于批准征用、占用土地以及出让土地使用权的规定，不正确地行使批准征用、占用土地或者出让国有土地使用权的职权。(3)主体不同。非法占用耕地罪的主体是一般生体，而非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪的主体是特殊主体，即国家机关工作人员。