在我国历史上的土地制度发生过数次变化，造成了现有的宅基地情况比较复杂。因此，在进行宅基地确权登记时，不可一概而论，需要根据宅基地形成的时间以及各个历史阶段的土地政策予以判断，根据《中华人民共和国物权法》、《中华人民共和国土地管理法》、《土地登记办法》、《土地权属争议调查处理办法》、《确定土地所有权和使用权的若干规定》、《国土资源部、中央农村工作领导小组办公室、财政部、农业部关于农村集体土地确权登记发证的若干意见》等法律、规章和政策文件，对超占面积的宅基地进行确权登记时，根据以下规则进行：

（1）《村镇建房用地管理条例》实施(1982年2月13日)以前农村村民建房占用的宅基地，在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大用地面积的，可以按现有实施使用面积进行登记；

（2）1982年《村镇建房用地管理条例》实施时起至1987年《中华人民共和国土地管理法》实施时止，农村村民建房占用的宅基地，超过当地规定的面积标准的，超过部分按当时国家和地方有关规定处理后，可以按实际使用面积进行登记；

（3）1987年《中华人民共和国土地管理法》实施后，农村村民建房占用的宅基地，超过当地规定的面积标准的，按照当地政府批准宅基地面积进行登记。其宅基地面积超过规定标准的，可在土地登记簿和土地权利证书记事栏内注明，将超占面积标注出来，待以后分户建房或现有房屋拆迁、改建、翻建、政府实施规划重新建设时，按有关规定作出处理，并按照各地规定的面积标准重新进行确权登记。