对于个人独资企业的合法权益，个人独资企业法是明确予以保护的，在总则中明确规定：“国家依法保护个人独资企业的财产和其他合法权益”（个人独资企业法第五条），在这项规定中首先突出了财产权利，这是必要的，因为它是个人独资企业的最基本的权利。当然，在保护财产权利的同时，对企业的其他合法权益也同样依法给予保护。与个人独资企业的财产权利直接联系在一起的投资人的所有权，在个人独资企业法中也作出了专门规定，即：“个人独资企业投资人对本企业的财产依法享有所有权，其有关权利可以依法进行转让或继承”（个人独资企业法第十七条）。对个人独资企业的合法权益依法保护，为个人独资企业的正常存在与发展提供了法律保障，是宪法原则的体现，也是基本经济制度的具体体现。
    1．防止在委托、授权管理中其合法权益受到侵害。
    这是针对个人独资企业的合法权益可能遇到的侵害而作出的法律规定。明确在个人独资企业中，投资人委托或者聘用的管理个人独资企业事务的人员不得有十种侵权的违法行为，比如，利用职务上的便利，索取或者收受贿赂；利用职务或者工作上的便利侵占企业财产；挪用企业的资金归个人使用或者借贷给他人；擅自将企业资金以个人名义或者以他人名义开立帐户储存；擅自以企业财产提供担保；未经投资人同意，从事与本企业相竞争的业务；泄露本企业的商业秘密等。对这些行为从法律上予以禁止，规范了受委托或者被聘用人员的行为，也是对个人独资企业合法权益的切实保护。在整部个人独资企业法中贯彻了这个原则，就是在规范中保护和鼓励个人独资企业的发展，使它的合法权益纳入受法律保护的范围。
    2．禁止任何不法的侵害行为
    在现实生活中，个人独资企业大量的受到乱摊派、乱罚款、乱集资的侵害，同时还出现一些其他形式的侵害其权益的行为，有的甚至严重影响到企业的正常经营或者生存。许多方面呼吁应当在法律中对此有所规定，并应当在法律责任中有相应的规定，以使法律中的规定更有力度。因此，在个人独资企业法的第二十五条中规定，任何单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，以任何方式强制个人独资企业提供财力、物力、人力；对于违法强制提供财力、物力、人力的行为，个人独资企业有权拒绝。同时，在个人独资企业法第四十一条中规定，违反法律、行政法规的规定强制个人独资企业提供财力、物力、人力的，按照有关法律、行政法规予以处罚，并追究有关责任人员的责任。这两项法律规定的要点为，一是不允许对个人独资企业的合法权益有侵害行为，而且这些禁止性的规定是针对任何单位和个人的；二是判定是否为侵害行为以法律、行政法规为准，违法的即被禁止；三是个人独资企业有权对侵害其合法权益的行为予以拒绝，法律支持对违法行为的抵制；四是对违法者进行处罚，同时追究责任人员的责任。
    3．确认应当享有的权利
    个人独资企业不但有作为企业存在的权利，而且还应当享有依法申请贷款、取得土地使用权，以及法律、行政法规规定的其他权利。这些权利的内容是广泛的，比如还有商标法规定的使用商标的权利；专利法规定享有专利权的权利等许多在法律、行政法规中确定的权利。这些权利在个人独资企业法中得到重申，事实上是要求社会上尊重个人独资企业的这些权利，也是让个人独资企业自觉地享有与维护这些权利。