（1）在经营管理知识和能力上的局限性。个人独资企业的所有权及经营管理权都集中在投资人一人身上，往往是企业的进退受这个人的知识与能力的状况影响很大；同时也要看到，个人的精力、经验都是有限制的，这种限制也会影响到企业。
   （2）经营规模上的限制。个人独资企业由一个自然人投资，个人的资金在大多数情况下是有限的，这就影响了企业的规模，即使个别人资金雄厚，可以充实资金，但在企业形式的选择上又会限制了这种投资的积极性。
   （3）投资人承担无限责任。这对维护个人独资企业的信誉和保护债权人的利益是有利的，但它是一种严格的责任，使投资人的个人财产都与企业的风险联系在一起；因而也会有另一种情况，就是投资人在一定的条件下不愿使自己的个人财产都承担这么大的风险，所以有的就采取了公司形式分散风险、限制风险，从而不愿使个人独资企业有更大的规模，使风险集于自己一身。在立法过程中，有的意见认为个人独资企业会是大规模的，为数还不会少；这只能是一种推测，即使有也会是个别的，因为个人独资企业规模的取舍，并不是一种个人的愿望，而是受这种企业形式的财产责任制度制约，投资人会从自己的利益出发来考虑如何选择。
   （4）个人独资企业还有一种局限性，就是其存续时间与投资人的状况联系紧密，投资人可以自行决定终止其经营，也可能由于投资人健康不良而停业，或者出于投资人的其他原因关闭，这种不稳定性是存在的。