国务院专利行政部门对发明专利申请的实质审查，是指对申请专利的发明是否具备法律所规定新颖性、实用性和创造性等可授予专利的实质要件进行审查。
    专利行政部门对发明专利申请进行实质审查以后，认为不符合本法规定的授予专利的条件的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见，或者对其申请进行修改。申请人在收到通知以后，如果自己认为其申请符合法律要求，应在指定的期限内按照规定的要求向专利行政部门提交意见陈述书，充分说明和论证其申请符合法律规定的取得专利的条件；如果认为其申请需要修改，就应在指定的期限内，按照通知的要求修改其申请文件，同时说明修改的原因和法律依据。申请人逾期无正当理由不予答复的，该申请即被视为自动撤回。如果申请人因特殊原因未能按期答复的，如遇到了不可抗力，可以向专利行政部门说明其不能按期答复的正当理由，请求延长答复期限。