1.两罪的犯罪客体不同，前者的犯罪客体是国家对合同的监管制度和公私财产权，而后者的犯罪客体是国家机关正常的管理活动和国家机关的信誉。

2.两罪的犯罪客观方面不同，前者是在签订履行合同中采取隐瞒事实、虚构真相的欺骗行为，而后者的客观方面表现为伪造、变造、非法买卖国家机关的公文、证件、印章的行为。

3.两罪的犯罪主体不同，前者的犯罪主体既可以是自然人，也可以是单位，而后者的犯罪主体是一般主体，是已满16周岁具有刑事责任能力的自然人。

4.两罪的犯罪目的不同，前者的犯罪目的是为了利用合同诈骗财物，后者的犯罪目的是为了非法获得国家机关的公文、证件、印章以利其他犯罪(不一定是为了诈骗财物)。在司法实践中，常有行为人为了实现诈骗财物的目的而采取伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章手段来进行犯罪的情况，这属于刑法理论上所说的牵连犯。本人认为：当伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章等行为已经完成，但合同诈骗行为尚处于准备阶段或者刚开始实施即被发觉，合同诈骗罪的性质和危害尚未充分地显示出来，合同诈骗犯罪的证据还不够充分时，对于此种情况，按照既遂行为吸收未遂行为的原则，以伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪论处较为合适;如果行为人的合同诈骗行为已经终了，只是由于意志以外的原因，没有骗到财物或者没有骗到主观上所希望骗取的数额较大的财物，就应当适用重行为吸收轻行为的原则，以合同诈骗罪的未遂论处。