府机关确权错误损害第三人利益的情形，原则上赔偿直接损失，具体说：

(一)因违法实施行政许可给当事人合法权益造成损害的，行政机关应当对受害人的直接损失承担赔偿责任，“直接损失”包括：停产停业期间的经常性费用开支;财产价值的减损;参加招标、投标等程序的先期投入;与个人生存技能有关的许可证被吊销或扣押期间的收入等。

(二)与第三人恶意串通违法审批给当事人造成损害的，由行政机关负赔偿责任;第三人提供虚假申请材料，但行政机关怠于履行审查职责给当事人造成损害的，由行政机关承担与其违法行为相适应的赔偿责任。经调解，行政机关确定的补偿数额明显偏低时，法院可直接判决补偿的具体数额(包括直接财产损失范围以及为防止损失扩大所支出的费用)。

现行行政诉讼法虽然设立了第三人制度，但对第三人是否可以提出独立的诉讼请求没有明确规定，以至导致人民法院在只要原告启动诉讼程序时即时被诉具体行政行为是否合法进行全面审查，第三人的举证对被诉具体行政行为的审查是否有参考作用法律规定态度不明，从而忽视了第三人的利益。

以土地确权案件为例，第三人对土地的占有、使用是基于被告的审批、确认，为维护法律秩序和社会生活的稳定，为禁止政府行为反复无常，信守承诺应该对相对人因信赖政府而取得的利益予以保护，这是行政法信赖利益保护原则的应有之义。因此，行政审判应该关注第三人基于对被告的信任而取得的财产或其他方面的利益保护，不能因被告的违法行为而承担实际上的损失。在不服颁发土地证的土地确权案件中，实践中一般不作土地争议理解，更容易忽视第三人的利益。特别是在当事人已修房盖屋的情况下，撤销证件将会带来更大的社会隐患。