从税收方面分析，对于合并方来说，主要是一种支付行为，所以一般不涉及税收问题(非货币性资产支付一般需要视同销售);对于被合并方来说，企业被合并注销后，企业资产被兼并转移，企业股东获得收入，因此，被合并企业涉及资产转移的税收问题。财税〔2009〕59号文件第四条第四项规定，企业重组，除符合本通知规定适用特殊性税务处理规定的外，按以下规定进行税务处理：

(1)合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。

(2)被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。

(3)被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。以上处理，即一般性税务处理。

举例：甲企业合并乙企业，乙企业被合并时账面净资产为5000万元，评估公允价值为6000万元。乙企业股东收到合并后新企业股权4000万元，其他非股权支付2000万元。此合并中，甲企业接受乙企业的净资产按公允价值6000万元作为计税基础。乙企业资产评估增值1000万元需要按规定缴纳企业所得税，税后按清算分配处理。

财税〔2009〕59号文件第五条规定，企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：

(1)具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。

(2)被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。

(3)企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。

(4)重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。

(5)企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。该文件同时规定，符合通知第五条规定条件的企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失。

举例：甲企业合并乙企业，乙企业被合并时账面净资产为5000万元，评估公允价值为6000万元。乙企业股东收到合并后企业股权5500万元，其他非股权支付500万元，则股权支付额占交易支付总额比例为92%(5500÷6000×100%)，超过85%，双方可以选择特殊性税务处理，即资产增值部分1000万元不缴纳企业所得税。同时，甲乙双方的股份置换也不确认转让所得或损失。假设此比例不超过85%，则资产增值部分1000万元要缴纳企业所得税250万元，股份支付也要确认所得或损失。

一般性税务处理和特殊性税务处理区别

提交资料的要求不同

适用特殊性税务处理规定的重组，当事各方应提交书面资料备案;适用一般性税务处理规定的重组，当事各方应准备相关资料备查。

第一，适用特殊性税务处理的企业因重组业务完成时间不同，区分以下几种情况处理。

对2011年完成重组的企业，发生符合规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，按办法的相关规定向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。对办法发布前即2010年7月26日前企业已经完成重组业务的，如适用特殊性税务处理，应按办法规定补备相关资料，需要税务机关确认的，按照办法要求补充确认。

对2011年尚未完成重组，但是重组为涉及在连续12个月内分步交易，且跨两个纳税年度的，如当事各方在第一步交易完成时预计整个交易可以符合特殊性税务处理条件，经协商一致选择特殊性税务处理的，可在第一步交易完成后，按办法规定提交相关资料备案。

2010年度完成股权收购、资产收购、合并、分立业务并适用特殊性税务处理规定的当事各方，应在完成重组业务后的下一年度(即2011年度)的企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面情况说明，以证明企业在重组后的连续12个月内，有关符合特殊性税务处理的条件未发生改变。主要说明两方面情况，一是企业重组后的连续12个月内没有改变重组资产原来的实质性经营活动;二是企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，没有转让所取得的股权。

对2008年度、2009年度、2010年度企业重组业务尚未进行税务处理的，仍可按办法的规定办理。

对2008年度、2009年度企业已经完成重组并已经按通知进行了税务处理的，由于公告明确办法自2010年1月1日起施行且没有要求以前年度的重组业务补充资料，因此，以前的重组无需再补备资料。

需要强调的是，企业未按规定进行书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。

第二，适用一般性税务处理规定的企业区分以下情况处理。

对2011年完成重组并选择适用一般性税务处理的企业，应按办法规定准备资料以备税务机关检查。应注意的是，根据办法第十四条的规定，企业分立并且被分立企业不再继续存在时，应按规定进行清算。被分立企业在报送《企业清算所得纳税申报表》时，应一并附送工商部门或其他政府部门的批准文件和被分立企业全部资产的计税基础以及评估机构出具的资产评估报告等资料。

对2011年尚未完成重组，但是重组为涉及在连续12个月内分步交易，且跨两个纳税年度的，如当事各方在2011年度不能预计整个交易是否符合特殊性税务处理条件，应统一适用一般性税务处理并准备相关资料备查。

未享受完的税收优惠规定不同

适用特殊性处理规定的合并(分立)企业可以承继被合并(分立)企业未享受完的税收优惠，适用一般性税务处理规定的合并(分立)企业仅就存续企业未享受完的税收优惠继续执行。

根据通知及办法的规定，适用特殊性处理的合并(分立)，凡属于依照企业所得税法第五十七条规定中就企业整体(即全部生产经营所得)享受税收优惠过渡政策的，合并或分立后的企业性质及适用税收优惠条件未发生改变的，可以继续享受合并前各企业或分立前被分立企业剩余期限的税收优惠。合并前各企业剩余的税收优惠年限不一致的，合并后企业每年度的应纳税所得额，应统一按合并日各合并前企业资产占合并后企业总资产的比例进行划分，再分别按相应的剩余优惠计算应纳税额。

适用一般性税务处理的企业合并(分立)，合并或分立各方企业涉及享受企业所得税法第五十七条规定中的税收优惠过渡政策尚未期满的，仅就存续企业未享受完的税收优惠继续执行。注销的被合并或被分立企业未享受完的税收优惠，不再由存续企业承继，合并或分立而新设的企业不得再承继或重新享受上述优惠。具体是指：在企业吸收合并中，合并后的存续企业可以继续享受合并前该企业剩余期限的税收优惠，其优惠金额按存续企业合并前一年的应纳税所得额(亏损计为零)计算。在企业存续分立中，分立后的存续企业可以继续享受分立前该企业剩余期限的税收优惠，其优惠金额按该企业分立前一年的应纳税所得额(亏损计为零)乘以分立后存续企业资产占分立前该企业全部资产的比例计算。

需要注意的是，就合并前，各企业或分立前被分立企业按照企业所得税法的税收优惠规定，以及税收优惠过渡政策中就有关生产经营项目所得享受的税收优惠承继处理问题，特殊性税务处理和一般性税务处理的原则是一致的，即在减免税期限内的，受让项目的存续企业自受让之日起，可以在剩余期限内享受规定的减免税优惠。

亏损弥补的规定不同

适用特殊性处理规定的合并(分立)企业可以继续弥补被合并(分立)企业未超过法定弥补期限的亏损额，适用一般性税务处理规定的合并(分立)企业亏损不得在企业间结转弥补。

根据通知及办法的规定，适用特殊性处理的合并，可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额(每年)=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。可见，适用特殊性税务处理的企业合并，需要结转弥补亏损的，被合并企业净资产公允价值还需要由企业提供相关评估报告等证明资料。适用特殊性税务处理的企业分立，被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补。

适用一般性税务处理的合并(分立)亏损不得在企业间结转弥补。

企业重组涉及的其他税种及政策规定

除企业所得税外，企业重组主要涉及增值税、营业税和土地增值税。国家税务总局公告2011年第13号文件和国家税务总局公告2011年第51号文件规定，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。

对于土地增值税，《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]第48号)规定，在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》(国务院令[1993]第138号)规定，企业分立涉及的土地所有权转移不属于土地增值税征税范围，并非被分立企业将土地转让给新成立企业，而是被分立企业的股东将该资产换股。