目前国内相关部门在制定绿色食品的质量标准存在不少问题，一方面国内外标准不一致，刚开始绿色食品主要着重内销，相应标准较低，在加入世贸组织之后出口量剧增顺势增加了与西方发达国家绿色食品标准相一致AA级，这就造成了内外标准的不一致。另一方面在于标准落后难以适应当今时代发展的需求，我国的《兽药管理条例》自从1985年颁布以来至今，接近30年从未有过修改;国际通用的食品标准的修改一般根据市场需求和农业生产每隔2年至5年进行一次，例如美国食品与药品管理局每年都对《联邦法》的“食品药物”标准作严格和精确的修正与完善，日本从1980年至今，关于食品安全的《饲料安全法》已进行70多次大小不同的修改。第三方面，国内在食品检疫方面尤其是动物检疫的标准难以达到国际标准，这就直接导致很多食品企业的出口难以发展，例如由于我国没有加入标准国际防疫组织，检疫不过关，严重影响活鸡、活猪和冻肉等的正常出口。第四方面，认证体系不能与时具进，没有形成统一标准化的认证体系，尤其是绿色食品方面的认证和环境保护总局关于有机绿色食品的认证标准均未获得国际的普遍认可，而相比之下美国有近60种被国际认可的认证体系。

据统计，2010年，美国扣留我国出口绿色779批次，主要原因是食品受细菌的污染、含有对人体有危害的各种食品添加剂和不安全的新兽药和腐败物质，其中比重最大的是含有对人体有危害的各种添加剂和新兽药，共有97批次，占所有扣留产品的42%;其次是含有国际禁用的食品添加剂氯霉素和硝基呋喃，产品含有不洁和腐败物质有58批次，占25%;而产品受细菌污染也有50批次，占22%，主要是受李斯特菌和沙门氏菌污染。最近几年我国绿色产品的产量不断的提高，但由于国内大部分企业的环保意识的缺失和环境保护法规的不完善，造成环境污染严重，绿色食品的质量显然跟不上数量的发展。

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