1、原理不同

克隆动物是指不经过有性繁殖,通过对母本动物进行基因复制而得到的一模一样的另一只动物,它和母本动物就像不同时出生的双胞胎。世界上第一只体细胞克隆动物是1996年出生于英国的克隆羊多利,随后克隆牛、克隆猪等不断诞生。克隆动物技术可以使一些优良动物品种快速产出大量“后代”,比起传统培育和繁殖方法,采用这种技术有时间和数量上的优越性。

转基因食品是指通过基因技术改造一些传统食品来源,加入一些外来基因或去除一些原有基因后得到的食品。转基因食品同时涉及动物和植物,目前讨论最多的转基因食品还是玉米等农作物食品。在经过基因改造后,可增加作物单位面积产量;可以降低生产成本;通过转基因技术可增强作物抗虫害、抗病毒等的能力;提高农产品的耐贮性，延长保鲜期，满足人民生活水平日益提高的需求;可使农作物开发的时间大为缩短;可以摆脱季节、气候的影响，四季低成本供应;打破物种界限，不断培植新物种，生产出有利于人类健康的食品。

2、种类不同

克隆食品主要是克隆动物的肉和奶，是动物性食品。转基因食品主要有转基因的植物性食品、动物性食品和微生物食品。虽然转基因植物性食品早已进入平常百姓家，但有关转基因动物食品(包括药品)却被炒得沸沸扬扬，迄今为止全世界还没有任何一种转基因动物食品被批准上市，也没有转基因微生物被批准进入市场。

3、安全性不同

不管是克隆食品还是转基因食品，都是新生的食品资源，所以他们的安全性都颇有争议。

克隆食品可能导致早产、致畸或夭折，可能导致新的疾病由动物传染给人类，这是许多人反对克隆食品的原因。伦敦遗传学家库兰博士说只要动物本身是健康的，它产出的奶也应该是健康的。

转基因食品可能带来许多安全问题，像转基因农作物的超级杂草问题以及可能对人体造成的危害等等。但是任何一种转基因食品在上市之前都进行了大量的科学试验，国家和政府有相关的法律法规进行约束，而科学家们也都抱有很严谨的治学态度。另外，传统的作物在种植的时候农民会使用农药来保证质量，而有些抗病虫的转基因食品无需喷洒农药。还有，一种食品会不会造成中毒主要是看它在人体内有没有受体和能不能被代谢掉，转化的基因是经过筛选的、作用明确的，所以转基因成分不会在人体内积累，也就不会有害。经合组织(OECD)提出了转基因食品的评价原则——“实质等同”的原则，即：如果对转基因食品各种主要营养成分、主要抗营养物质、毒性物质及过敏性成分等物质的种类与含量进行分析测定，与同类传统食品无差异，则认为两者具有实质等同性，不存在安全性问题;如果无实质等同性，需逐条进行安全性评价。

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