广州张静律师解答：四个点，先看引起双方争议的主要是哪份协议，再看原告主张的诉讼请求的事实基础是基于股东关系还是合伙关系，再看款项约定的担责方是个人还是公司，最后再看协议有无约定办理工商变更手续。掌握以上几个点，可大致分出合伙协议纠纷与股东出资纠纷。如下面这个案件，项某起诉退还出资款，其他人主张本案是股东出资纠纷，适用公司法不能退还出资款。法院审理后认为原被告几方不是都是登记股东，投资款未进公司账户，公司也未约定办理增资手续，最终认定本案是合伙协议纠纷。

判决书节选：

    关于本案是合伙协议纠纷还是股东出资纠纷的问题。候某、许某、邓某、李某主张案涉《合伙人协议书》已经被本某公司、圣某公司的公司章程所取代，在本某公司、圣某公司的股权变更完成后，项某已经成为两第三人公司的股东，《合伙人协议书》已经终止，本案应为公司内部事项，应适用《公司法》解决。本院认为，本案各方的纠纷并不是基于股东身份及出资而产生的纠纷，而是基于案涉《合伙人协议书》产生的纠纷。首先，本案当事人中除了许某外，其余各方均不是第三人公司的股东。其次，案涉的投资款并未进入公司账户，案涉投资款不属于公司资产。再次，案涉投资款并没有按照《公司法》的规定办理增资变更，更没有产生公示效力。故本院认定本案为合伙协议纠纷。