实务中，经常有客户将股权转让与资产转让相混淆，混淆的结果通常有两种：一是双方旨在股权转让，但最终签订一份“店铺转让协议”，约定将股权、房屋剩余租赁期限、装修、固定资产、字号等全部转让；二是双方旨在转让资产，却签订了“股权转让协议”，两种做法均会产生法律关系争议。股权转让的主体为公司股东，是股东权益的整体继受；资产转让的主体为公司或个体工商户，是财产所有权的转移。对于想在股权转让过程中一并受让公司相应资产的，可以在股权转让协议中设计资产交接条款。

股东与受让方签订股权转让协议，约定“股权转让”，但将股权转让价款约定为“出资款”，且收款主体为公司非股东，而标的公司此前又未形成任何增资决议。此种情况容易产生入股形式及入股效力等争议。同上，两种交易的主体不同，产生的法律效果也不同：股权转让的主体为公司股东，受让方将对应价款支付给该股东，而认缴增资的主体为标的公司与出资方，出资方将出资款支付给目标公司；股权转让只需转让方与受让方达成合意，而出资人未按照约定履行出资义务，需要承担出资瑕疵的法律后果。

股权转让的主体为标的公司股东而非公司本身，标的公司并不享有股权，错将标的公司列为股权转让方的情况在一人有限责任公司尤为多见，此种情况容易产生转让主体及协议有效性等争议。

有些客户为提高交易效率，将重要条款一笔带过，例如价款金额、支付方式、支付时间、办理工商变更登记时间、违约责任等。此种做法容易引发履行标准及转让合意是否实际达成、违约条款是否具体可行等争议。

除存在《合同法》第五十二条规定的情形外，转让股权一方系隐名股东或显名股东并不影响股权转让协议的效力，但常常会导致股权转让关系复杂化、使股权转让协议存在履行风险。例如，隐名股东显名系股权转让协议得以实质性履行的前置条件，而依照《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》第二十五条第三款规定：“实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。”即，隐名股东显名依法必须经其他股东过半数同意；又如，隐名股东与受让方签署股权转让协议后，名义股东拒绝承认存在代持股关系，不配合办理股权变更登记、名义股东擅自转让代持股权，实际出资的隐名股东对该股权提出权利主张，此时如受让方不符合善意取得的条件，则面临不能取得股权的风险等。

受让方往往前期未仔细审查标的股权，在协议履行过程中才发现转让方存在出资瑕疵或已将股权设立质押等权利负担等情形。对于出资瑕疵，因股东出资与股权转让分属不同的法律关系，转让方的出资义务履行对象为公司非受让方，受让方无权要求转让方补足出资，且转让方出资瑕疵原则上不能成为拒绝足额支付股权转让款的正当理由。依据《物权法》第二百二十六条规定：“以基金份额、股权出质的，当事人应当订立书面合同。以基金份额、证券登记结算机构登记的股权出质的，质权自证券登记结算机构办理出质登记时设立;以其他股权出质的，质权自工商行政管理部门办理出质登记时设立。基金份额、股权出质后，不得转让，但经出质人与质权人协商同意的除外。出质人转让基金份额、股权所得的价款，应当向质权人提前清偿债权或者提存。”如转让方转让股权时未取得质权人同意，容易引发股权转让无效的诉讼，且质押登记撤销前，股权变更登记也存在障碍。

《公司法》第七十一条规定：“有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。”即，如转让方在转让前未向其他股东发送书面通知，取得其他股东的意见，则存在股权转让无效的风险。此外，股东收到书面通知后，如对转让提出正当异议的，在异议处理完毕前，受让方要求继续履行股权转让协议也存在障碍。