根据相关法律法规，公司在处理员工工资问题时需要严格遵守劳动法的规定。以下是对此问题的详细解析：

1.?劳动合同与工资支付

《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，公司扣发工资属于违法行为，除非有法律规定的特殊情形（如员工严重违纪或违反合同约定）。

2.?工作交接与义务

《中华人民共和国劳动合同法》第五十条第二款规定，双方解除或终止劳动合同的，“劳动者应当按照双方约定，办理工作交接”。员工在离职时确实有义务配合完成工作交接，以确保公司业务的顺利过渡。所以工作交接是劳动者离职时应履行的法定义务，劳动者应在离职时就其工作内容按照用人单位的要求进行交接,用人单位应配合劳动者进行工作交接。

然而，员工不配合工作交接并不构成公司扣发工资的合法理由。公司可以通过其他方式（如沟通、协商或法律途径）要求员工履行交接义务，但不能以扣发工资作为惩罚手段。

[向右R]对应用人单位和劳动者双方而言，劳动者和用人单位都应当依法履行各自的法定义务。只要劳动者为公司正常提供劳动了，就拥有了依法获得劳动报酬的权利。员工未办理工作交接,是不能成为公司不为员工结算工资的抗理由的。若员工拒不配合进行工作交接，进而对公司造成损失的，公司可以固定好证据向人民法院起诉，通过诉讼的方式进行损失追讨。

3.?解决方法建议

沟通与协商：公司应与员工进行充分沟通，了解其不配合交接的原因，尽量通过协商达成一致。

书面通知：如果员工确实不履行交接义务，公司可以向其发出书面通知，明确交接要求和期限。

法律途径：如果员工仍然拒绝配合，公司可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，要求员工履行交接义务，但仍不能扣发工资。

4.?总结

公司不能以员工不配合工作交接为由扣发工资。如果员工的行为严重违反公司规定或合同约定，公司可以根据相关条款处理，但必须依法支付工资，并可通过法律途径追究员工的责任。

如有进一步问题，建议咨询专业律师，以确保公司在处理此类问题时合法合规。