发现拼多多商家侵犯商标权时，可以采取以下步骤来维护自身权益：

首先，收集充分的证据是关键。这包括但不限于涉嫌侵权商品的照片、销售记录、侵权商家的店铺信息、链接等。这些证据将用于证明侵权行为的存在和侵权者的身份。

其次，与拼多多平台取得联系，向其举报商标侵权行为。拼多多平台通常设有专门的侵权投诉渠道，可以提交详细的侵权证据和投诉理由。平台在接到投诉后，会进行调查，并根据其内部规则对侵权商家进行处理。

如果拼多多平台的处理结果并不满意，或者商家拒绝配合，可以选择向当地工商行政管理部门或知识产权局投诉。这些机构会进一步调查侵权行为，并可能采取相应的法律措施。

同时，商标权人还可以考虑起诉侵权商家，要求其停止侵权行为并赔偿损失。在起诉前，需要准备好充分的证据材料，包括商标注册证书、侵权证据等，并选择适当的法院进行起诉。

在整个维权过程中，建议与专业的律师或知识产权代理机构合作，以获取专业的法律建议和策略支持。他们可以帮助你更好地了解法律程序，制定有效的维权策略，并确保你的权益得到充分保护。

需要注意的是，维权过程中要保持冷静和理性，遵守法律法规和平台规则，避免采取过激或不当的行为。同时，也要加强自身的知识产权保护意识，采取必要的措施防止类似问题再次发生。

总之，发现拼多多商家侵犯商标权时，应积极采取行动维护自身权益。通过合理的证据收集、向平台投诉、向相关机构举报以及可能的法律诉讼等方式，可以有效地打击商标侵权行为，保护商标权人的合法权益。