产权不明确的房屋是指无产权关系证明、产权人下落不明、暂时无法考证产权的合法所有人或因产权关系正在诉讼的，因产权关系发生纠纷的房屋。房屋产权不确定，补偿安置的主体也就不确定。但是，拆迁中不能因为其主体不明确，或不对此类房屋进行补偿。为了不因被拆迁房屋产权关系不明确使拆迁补偿安置工作受到影响，《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条　房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。

　　补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。

　　被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。

　　根据二十六条规定，在房屋所有权不明的情况下的处理方式一般和未达成补偿协议的处理方式相同，均是向市县级人民政府批准做出补偿决定，并在房屋征收范围内进行公告。同时也给予被征收人以合法的提起行政诉讼的权利。这样无疑是在保障拆迁工作顺利进行的同时也保障了被拆迁人的权益。