专利侵权案件赔偿数额的计算依据主要是《专利法》以及《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》(以下简称《规定》)《专利法》对赔偿的计算方式作了原则性的规定，《规定》细化了各种计算方法，并且增加了一种计算方法———法定赔偿。赔偿的计算方式有四种：
1.根据侵权人因侵权获得的利益计算
《规定》第二十条第三款：“侵权人因侵权所获得的利益可以根据该侵权产品在市场上销售的总数乘以每件侵权产品的合理利润所得之积计算。侵权人因侵权所获得的利益一般按照侵权人的营业利润计算，对于完全以侵权为业的侵权人，可以按照销售利润计算。”
这里需要注意的是如果侵权人以侵权为业的，则按照销售利润计算。销售利润大于营业利润，这样的规定给被侵权人提供了计算的便利。
2.根据被侵权人因为侵权而受到的损失计算
《规定》第二十条第二款：“权利人因被侵权所受到的损失可以根据专利权人的专利产品因侵权所造成销售量减少的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积计算。权利人销售量减少的总数难以确定的，侵权产品在市场上销售的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积可以视为权利人因被侵权所受到的损失。”
这个规定大大减小了专利权人的举证难度，只要确定侵权人的销售数量就可以了，也排除了侵权人的销售并没有下降，而损失无法计算的情形。
3.根据专利许可费的倍数确定赔偿数额
《规定》第二十一条：“被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定，有专利许可使用费可以参照的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节、专利许可使用费的数额、该专利许可的性质、范围、时间等因素，参照该专利许可使用费的1至3倍合理确定赔偿数额。”4.法定赔偿
《规定》第二十一条：“没有专利许可使用费可以参照或者专利许可使用费明显不合理的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节等因素，一般在人民币5000元以上30万元以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币50万元。”
最后需要说明的是，前三种计算方式可以由专利权人自行选择
