答：可以。
曾有一个歪果仁说，按国际惯例护照是一国公民之唯一境外通行证，任何组织和个人都无权扣留。那么如果这个护照持有者因涉嫌犯罪在中国境内被采取强制措施，例如处于监视居住或取保候审状态时，公安机构是否有权扣留犯罪嫌疑人的护照呢？
答案是可以的。
首先，按照国际惯例及我国刑法，凡发生在我国境内的刑事案件，依据属地管辖的原则，我国对此有权适用中国刑法规定。
而“国际法”或“国际惯例”，如果未经我国解释或授权也不能直接适用具体案件之中。
具体到，今日这个问题，依据我国刑事诉讼法第69条规定
人民法院、人民检察院和公安机关可以根据案件情况，责令被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人遵守以下一项或者多项规定：
(一)不得进入特定的场所;
(二)不得与特定的人员会见或者通信;
(三)不得从事特定的活动;
(四)将护照等出入境证件、驾驶证件交执行机关保存。
所以，综上所述，我国人民法院、人民检察院和公安机关可以依职权，“合法”地扣留案涉嫌疑人的护照。