对于医疗事故的因果关系，原《医疗事故处理办法》认为只有医疗过失行为与患者的人身损害后果之间存在直接因果关系，才能构成医疗事故。所谓直接因果关系，就是将造成结果的原因首先区分为直接原因与间接原因，直接原因就是直接作用于损害损害后果的，在损害的产生、发展过程中具有必然趋向的原因，而间接原因则是对损害结果的发生并不发挥直接作用而是偶然介入的其它因素。依据直接因果关系的要求，显然如果行为人的行为不是结果发生的直接原因就不需要承担责任。事实上，因果关系既存在一因一果的简单情形，更大量存在患者自身体质、医学技术水平、医疗机构及其医务人员的行为等多项复杂因素交错其中的问题，简单地依据原因力去区分所谓的直接原因与间接原因很难做到。尽管间接原因只是对结果的发生，但其本身仍然属于造成结果发生的原因之一，并非完全没有关联，况且直接原因与间接原因在一定条件与环境下还可以相互转化。原《医疗事故处理办法》将医疗事故构成要件中的因果关系限定为直接因果关系遭到各方面的批评。根据原办法的规定，如果医疗机构的医疗过失行为是造成患者人身损害的间接原因，医疗机构就不构成医疗事故。这与民法关于因果关系的主流理论是相悖的，这也是原医疗事故处理办法下作出的医疗事故技术鉴定结论屡屡被法院弃之不用的重要原因之一。
侵权行为法上的因果关系在我国目前的司法实务中占主要地位的是相当因果关系说。相当因果关系说区分责任成立的因果关系和责任范围的因果关系，在认定上区分认定条件关系和认定相当性两个步骤。在条件关系的认定上，采用“无此行为，必不生此种损害”的公式。在具体归责中，为限制条件关系的界限，从而限制侵权责任的范围，则需进一步认定“相当性”，即侵权行为在多大程度上导致损害结果。相当因果关系不仅是一个技术性的因果关系，更是一种法律政策的工具，乃侵权行为损害赔偿责任归属之法的价值判断。
相当因果关系说主张从事实和法律两个层面去分析因果关系。责任成立的因果关系相当于事实上的因果关系，责任范围的因果关系相当于法律上的因果关系。这就是对因果关系进行认定的“两分法”，是认定因果关系的方法论。前者要解决的是侵权责任是否成立，后者要解决的是在多大范围内承担赔偿责任的问题。在判断这两个层次的因果关系时，前者体现法律事实，后者则体现政策性判断。
新的《医疗事故处理条例》在对医疗事故下定义时删除了“直接”两个字，表明其接受的是间接因果关系说。
在医疗事故技术鉴定中，民事侵权法上因果关系理论值得鉴定专家借鉴。侵权法上因果关系的认定采用同一的认定公式作出判断：即无此行为，虽不必生此损害，有此行为，通常即足生此种损害者，是为有因果关系。无此行为，必不生此种损害，有此行为通常亦不生此种损害者，即无因果关系。对医疗事故因果关系的认定，常采用统计的因果关系和盖然的因果关系，其判断模式为：某种因素与疾病发生之原因，就医学上可考虑之若干因素，利用统计学的方法，以“合理之盖然性”为基础，即使无法经由科学严密之实验，亦不能影响该因素之判断。在本博二级丙等、次要责任案例中，医院医疗行为存在过失，对患者肾脏的损害可能存在一定的关联，即存在“盖然的因果关系”，所以鉴定专家认定因果关系存在，构成医疗事故。但考虑患者在医院医疗过失之前肾脏功能已经损害，其尿毒症的发生主要是其自身疾病的发展结果，所以认定医院承担次要责任。
