在诉讼过程中，许多当事人甚至律师将民事诉讼中诉讼时效与行政诉讼中的起诉期限相混淆，在同一意义上使用两种概念，甚至将行政诉讼中的起诉期限等同于诉讼时效，并称之为“行政诉讼时效”。其实二者虽然理论基础有共通之处，但确是两种独立的法律制度，相比较之下有明显区别。

　　起诉期限，是诉之合法的要件，关系到起诉是否能被法院受理的法定条件，规定在行政诉讼法中。具体是指公民、法人或者其他组织不服行政机关作出的行政行为，向人民法院提起行政诉讼，其起诉可以由人民法院立案受理的法定期限。　　

　　诉讼时效，是民事实体法的法律制度，而不是诉讼法概念。是权利人不行使权力的法律事实持续满一定期限后该权利人丧失胜诉权的法律效果。

　　首先，二者的立法目的不同。二者虽都是为了能够督促当事人及时主张自己的权利，保护自己利益的同时节约司法资源，提高司法效率。起诉期限关乎到行政法律秩序的稳定，因行政机关管理公共事务要遵循及时高效的原则，若行政行为一直处于被质疑和否定的状态，定会影响到行政效率，使行政管理秩序陷入混乱。而诉讼时效是为了督促权利人及时行使权力，维护社会交易秩序的稳定，进而保护社会的公共利益，维护社会的交易秩序。

　　其次，二者的起算时间不同。根据我国《行政诉讼法》第四十六条的规定，行政诉讼起诉期限的起算日是“自知道或者应当知道作出行政行为之日”。诉讼时效的起算，是从权利人知道或应当知道其权利受到侵害之日起开始计算，即从权利人能行使请求权之日开始计算。

　　再次，是否可变不同。起诉期限是一个固定期间，一般不存在中止、中断的情形。现行只有两种例外情形：一是因不可抗力或者其他不属于自身原因耽误起诉期限的，可以直接予以扣除；二是确有其他特殊情况耽误起诉期限的，应由法院查明后可以延长。而诉讼时效属于可变期间，只要有法定事由，便应依法中止、中断和延长，相对比较宽松。

　　最后，超过起诉期限与超过诉讼时效的结果不同。起诉期限属于起诉的条件，人民法院应当依职权审查起诉期限。行政相对人超过起诉期限起诉的，人民法院应裁定不予受理；受理后发现超过起诉期限的，应裁定驳回起诉，此时行政相对人丧失了起诉权。而超过诉讼时效当事人并不丧失起诉权，人民法院仍应受理案件，且根据诉讼时效制度的私法属性，在诉讼时效抗辩权的行使上应遵循当事人意思自治原则。当事人未提出诉讼时效抗辩，人民法院不应对诉讼时效问题进行释明及主动适用诉讼时效的规定进行裁判。如另一方当事人提出诉讼时效抗辩，经审理查明无诉讼时效中止、中断、延长情形，原告超过诉讼时效起诉的，应判决驳回诉讼请求。

　　通过以上比较不难看出，起诉期间与诉讼时效有诸多不同之处，不能仅从字面意思上简单认为凡是诉讼都存在时效问题，而应严格区分民事诉讼和行政诉讼并分别适用，避免造成二者在适用范围上的混乱。