律师观点分析

本案中开发商与施工单位签订了两份合同，一份是实际履行的合同，一份是备案的合同，实际履行的合同约定了资金占用费及违约金等。施工过程中，施工单位多次延误工期，最后被开发商清场。开发商起诉施工单位索要多支付的工程款及延期交工造成的损失，施工单位反诉开发商要求支付工程款并赔偿损失（因施工过程中五证不全、没有招投标）。

本案是典型的建设工程施工合同纠纷，涉及黑白合同、工程量鉴定、违约金、资金占用利息、违约损失等。

根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条 建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。最终法院按照双方实际履行的合同予以支持工程款。鉴定公司在鉴定时按照实际履行合同和备案合同分别鉴定。另外，施工单位提交了很多自己签订了工程签证单，均未得到支持，在施工过程中收集证据很重要。

另外，因实际履行的合同无效，违约金资金占用利息均为得到支持。双方起诉的损失均有过错，后自行承担。