最高人民法院《关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第五条规定“当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算”（该条在《关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》（2020年修正）删除，现规定于民法典第189条）之规定。


适用该法律规定的前提是分期履行的债务应该是同一债务，具体到本案，如果将工程质量保证金作为最后一笔工程款来起算诉讼时效，则质量保证金与工程款应该是同种性质的款项。但根据建设部、财政部制定的《建设工程质量保证金


管理暂行办法》的规定，建设工程质量保证金，是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。

因此，保证金虽从工程款中预留，但质量保证金是以约定的缺陷责任期的工程是否有缺陷以及缺陷大小来确定该保证金是否返还或者返还的比例，即保证金对工程质量负有担保的功能，其保证金的发放也以工程质量是否有缺陷为条件，而工程款并无担保功能，其发放是以完成工程量的大小为结算依据，两种款项的性质并不相同。工程款与质量保证金因为性质不同，则诉讼时效的起算时间也不相同。