从司法实践出发，刑法因果关系理论中的客观归责理论、中断理论、相当性理论、偶然关系说以及双层次因果关系理论等在认定玩忽职守罪的因果关系问题上，都具有一定的借鉴价值。特别值得一提的是，双层次因果关系理论中分阶段、分步骤、分层次的判断方法，对于司法人员厘清案件事实、明确各行为之间的关系具有较强的工具性意义，在此，笔者借鉴这种理论模式，探索适用于我国司法实践的、操作性更强的因果关系判断方法，即“三步拆解法”：
（1）应受惩罚性
第一步要拆解的是玩忽职守行为的应受惩罚性，即玩忽职守行为是否制造了法不容许的风险？这种风险是否成为现实？危害结果是否超越了法定的风险范畴？
这一步借鉴客观归责理论的两个基本规则，前两个问题容易解决，重点在于第三个问题，在这一点上，认定的关键是玩忽职守行为和危害结果之间是否具有对应性。笔者认为，只有玩忽职守行为与危害结果之间具有对应性的案件事实，才能够成为玩忽职守罪的归责基础。
在实践中，有很多案件，行为人确实实施了不作为或者乱作为的玩忽职守行为，而且也在客观上发生了重大的危害结果，但是该国家工作人员职务行为所要保护的社会公共利益却与遭受重大损失的公共利益不一定具有对应性，也就是说危害结果可能超出了国家工作人员职务行为监管的范畴，二者发生了分离，在这种情况下，就不能认为职务行为与危害结果之间具有刑法上的因果关系，不能以此追究行为人玩忽职守刑事责任。
如上文所述的锅炉爆炸案（案情如下：某市锅炉压力容器所检验员王某在负责检验验收某个体浴室常压燃煤热水锅炉时，接受对方吃请，不正确履行职责，在被检验锅炉出厂资料技术参数完全不符合要求的情况下，仍在检验报告中作出虚假记录，致使该锅炉取得市质量技术监督局颁发的《锅炉使用登记证》并投入运行。之后，该锅炉业主擅自将常压热水锅炉改为承压锅炉使用，最终发生爆炸，造成7死7伤的重大伤亡事故。）中，检验员王某虽然在发放《锅炉使用登记证》的过程中具有明显的玩忽职守行为，但是该证件适用的对象是常压热水锅炉，王某授权履行职责的目的在于保证常压热水锅炉工作的安全，而发生的重大事故是承压锅炉爆炸造成损害，显然超出了王某职务行为拟定保护的公共利益，二者不具有对应性，因而王某的玩忽职守行为不能成立。笔者认为，对于很大一部分玩忽职守案件，运用客观归责理论的两条规则和对应性原理，能在很大程度上快速地将涉及案件因果关系的基础性事实抽离出来，减少案件处理中的模糊性。
（2）可归责性
第二步要拆解的是玩忽职守行为的可归责性，即从作出玩忽职守行为到危害结果发生的整个过程中介入因素（直接原因和间接原因）有哪些？造成危害结果的直接原因与玩忽职守行为之间是连续的依赖性，还是中断的独立性？
这一步骤主要借鉴了有介入因素时的“中断理论”来进行判断，如前所述，玩忽职守行为与危害结果之间都是一种间接因果关系，二者之间有一个或者若干个介入因素，这些介入因素中有的是导致危害结果发生的直接原因，有的是间接原因，从而造成多因一果的复杂局面。在这种情况下，司法人员必须明确造成危害结果发生的直接原因相对于玩忽职守行为，是否具有独立性，如果没有玩忽职守行为就不会出现导致危害结果发生的直接原因（最终原因），那么就可以认为直接原因是依赖于玩忽职守行为而存在的，玩忽职守行为与危害结果的发生就具有刑法意义上的因果关系；反之，则不具有刑法意义上的因果关系。
笔者认为，导致危害结果发生的直接原因对玩忽职守行为的依赖性，是确保作为介入因素的直接原因不会中断玩忽职守行为与危害结果之间因果关系的保证和前提，如果导致危害结果发生的危害行为与玩忽职守行为没有太大关系，完全可以独立发生的话，那么就不能认定玩忽职守罪成立，如前例“锅炉爆炸案”中，锅炉所有者的改造行为是事故发生的直接原因，其完全独立于检验人员制发证件的行为。
（3）处罚的公正性
第三步要拆解的是对玩忽职守行为处罚的公正性，即以行为人的职业身份和素养，判断其玩忽职守行为与危害结果之间是否具有“相当性”。
这一步既借鉴了相当因果关系理论，又吸收了中断理论的某些观点，重点在于采纳相当因果关系理论中的主观说规则，突出强调国家工作人员的职务专业性和对其较高的职业要求。玩忽职守行为的出现和危害结果的产生有一个复杂的时间间隔，其间会介入很多的因素，有的是具有刑法意义的，有的不具有刑法意义，有的是导致危害结果发生的直接原因，有的是间接原因。
对于有多种间接原因介入的，支持中断理论的国外学者已经提出要考虑“在因果关系的发展过程中所介入的因素，令行为人对最终结果承担刑事责任是否公正”这一命题。同时，对于公正性的考量，也不能忽视对行为人的职业要求。相当因果关系理论提出，应依照人们的社会经验判断实行行为与犯罪结果是否相当，从而来判断两者之间是否存在刑法上的因果关系，并发展出主观说、客观说和折中说等观点。
笔者认为，在玩忽职守犯罪中，大多会涉及行为人的监管、审批等职权，而这些职权往往具有较强的专业性和技术性，因此，行为人一般都具有基本的专业知识、专业素养和与之相适应的判断能力，在行使这些监管、审批职权时，其对自身行为可能产生的社会影响一般都有明确的认知或者预见，而其他人员可能并不能很好地把握这些专业性问题，因此，采用主观说较符合实际情况，并有利于充分发挥刑法的指导作用和规范作用。
综上所述，笔者认为，刑法因果关系理论从根本上是解决司法实践中责任认定的问题，对于玩忽职守案件而言，吸收和借鉴各种理论学说，构建基本的判断标准、明确的因果关系理念和归因归责框架是一项极为紧迫的工作，这对于统一司法尺度、维护司法权威、保障公民权益具有重大的意义。在刑事司法实践中，处理玩忽职守案件时，如果按照上述三个步骤分层次、抓核心、有针对性地分析案情，判断履职人员的行为与危害结果之间的关系，能够在很大程度上减少司法的随意性和模糊性，确保公平正义。