一般来说，根据我国民事诉讼法的规定，举证责任的分配首先应当遵守“谁主张，谁举证”的规则，只有在法律或司法解释明确规定的情况下，才能采用举证责任倒置的规则。
也就是说，当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或反驳对方诉讼请求所依据的事实，有责任提供证据加以证明。如果根据该规则，劳动者主张加班费，应当对加班事实承担举证责任。
但是，从现实层面来看，让劳动者承担加班事实的举证存在诸多困难。在不少单位，加班采用口头通知的形式，没有书面证据，是否加班往往体现在工资、打卡记录、工作记录等情况中，然而这些证据往往保存在用人单位，劳动者无从获得。
因此，尽管民事诉讼法中举证责任分配的原则是“谁主张，谁举证”，但《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第7条规定，在法律没有具体规定，依本规定及其他司法解释无法确定举证责任承担时，人民法院可以根据公平原则和诚实信用原则，综合当事人举证能力等因素确定举证责任的承担。
这就意味着，在加班事实的举证责任分配上，考虑前述事实因素，即用人单位一般掌握劳动者具体工作时间的证据，因此，应当由用人单位承担相关事实的举证责任。不过，让用人单位一方承担举证对自己不利的事实，显然不合常理。同时，不少劳动者主张的加班事实时间跨度较长，若要求用人单位一概提供相应证据，对用人单位来说过于不利。
因此，最高人民法院在劳动争议相关司法解释中，对加班费举证责任问题做出了明确规定，“劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。但劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。”劳动者在劳动争议案件中处于弱势地位，考虑到劳动者举证的实际困难，对劳动者举证不能过于苛求，可适当减轻劳动者的举证责任，只要劳动者一方提出基本证据，如考勤表、加班通知、工资条、交接班记录、证人证言等可以证明有加班的事实，即可视为其举证责任已经完成。