在劳动合同履行过程中，员工因不当行为，可能会给企业造成经济损失，有的虽然没有给企业造成损失，但是严重违反了单位的规章制度，对于这两种情况，企业能否从员工工资中予以扣除工资，以达到处罚和警示的作用呢？
《工资支付暂行规定》第十六条规定：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付”。这里是指每月扣除的上限及扣除后剩余工资的下限，不是只能扣一个月的意思。如果员工仍继续在履行劳动合同，则可以继续扣下去。
注意，公司能扣款的前提是公司能够举证员工的行为造成了公司损失，且能够提供损失计算的依据及经济损失的数额。如果无法举证，就算是客观上存在损失也不能直接从员工工资中扣款。
对于没有给企业造成损失，但是违反了企业的规章制度，企业虽然无权对员工进行罚款，但是企业可根据内部实行的规章制度降低员工的奖金待遇。企业可在《员工手册》等规章制度中明确员工违纪的具体行为，如几次旷工、迟到或因过失造成企业损失达多少数额等即视为违反企业规章制度；此外还须明确扣发奖金的数额，如依据员工违纪不同程度规定相应将减少多少奖金数额。最好的处理方式是采用各种逆向奖励的方式，比如设立“全勤奖”，针对无迟到早退、无病假、事假、旷工等现象予以发放，而对于那些存在迟到早退及请假旷工等行为的，则可以不发该笔全勤奖。
此外，公司可以与员工协商一致扣发员工的工资，经过员工同意公司是可以扣发工资的，建议公司与员工签订书面协议。