签订公司合并协议需要注意以下条款：（1）参与合并各方公司类型、名称和住所；（2）股份交换的比例及现金支付的金额；（3）存续公司分配股权的条件；（4）持有股份的持有人开始享有公司利益分配请求权的日期以及影响这种权利的特殊要件（比如是否同股不同权）；（5）被合并公司的营业活动开始在会计上被视为存续公司的营业活动的日期；（6）存续公司赋予被合并公司特别股股东之外的证券持有人的权利或者其它有关措施（比如是否存在股权代持、股份质押等情形）；（7）注册会计师事务所和律师事务所等中介机构及合并各方公司的董事、监事、高级管理人员之间所赋予的特别利益。
