1、制定明确的加班制度。
按照法定标准向劳动者支付加班工资是用人单位的法定义务，但并不意味着劳动者提出加班工资要求或劳动者实施了加班，用人单位就应当支付劳动者加班工资。
从实务中及相关的裁判文书中可总结出，各级法院对员工手册作为证据是持肯定态度的，用人单位通过民主程序制定的规章制度，不违反行政法规及政策规定，并已向劳动者公示，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。但在实践操作中，很多用人单位并没有将有关劳动者加班的申请流程和相关惩罚条款约定在内，或者根本没有制定员工手册，导致在发生劳动争议时，因证据不足或没有依据而陷入被动最终败诉。因此，将加班管理条款纳入其规章制度中，不仅是用人单位在管理上的必需，也是有效避免法律风险的重要保障。
2、制定加班制度，应严格执行。
在用人单位规定了相应的加班、审批制度，但是在实际施行时，均未严格执行，在员工有证据证明相应制度却未严格执行时，法院通常会根据员工的实际情况进行加班的认定，从而要求单位支付加班工资。
因此，规章制度作为用人单位建立的管理制度，不仅对劳动者具有约束力，同时对用人单位也有约束力，主要体现在用人单位在执行规章制度时应当尽量做到规范、有序，防止管理的任意性。
3、发放工资时明确工资内容。
实务中，用人单位往往因无法证实加班工资的计算数额及加班费确已发放而败诉。为避免此种情况，单位应当事先做好相应的防范措施。
在签订劳动合同时，双方约定清楚正常工作时间工资（此处的正常工作时间工资数额是计算加班费的基数），同时写明双方约定企业发放给劳动者的奖金、津贴不属于正常工作时间工资，在工作时间条款项明确工时制度，可作为员工是否存在加班情况的依据之一。
在发放工资时，应明确工资组成，包括加班工资、加班费用、奖金和津贴补贴等；同时应制作工资条和工资发放台账，要求员工在工资核实无误后在工资条上签字存档。（法学愿）