在司法实践中，确定员工是否侵犯企业的商业秘密主要从以下几个方面进行：

首先，应当确定企业是否存在一项有效的商业秘密。不仅应当弄清楚所称的商业秘密的内容，还应当认真审查该项要求保护的信息，是否满足商业秘密的构成要件，即从是否具有秘密性，是否能够带来经济利益，有无合理的保密措施等方面来确定该项信息应否受到保护。

其次，应当查明员工所掌握的该项秘密信息的来源。被控侵犯商业秘密的员工，经常辩称其商业秘密是通过合法途径得到的，因此，查明其信息的由来十分重要。在多数案件中，查明员工有关信息的由来，对于查明员工是否采取了不正当手段至关重要。

再者，要确认员工是否采用了不正当手段。这是确定被控侵权人是否实施了不正当竞争行为的必要条件。只有员工采取了不正当手段获取、披露、使用他人的商业秘密，才承担相应的法律责任。不正当手段主要有胁迫、利诱、盗窃等。其他违反公认的商业道德的手段，也属于不正当手段。对于采取不正当手段获取、使用、披露商业秘密的，可以直接认定行为人有过错，要求其承担法律责任。