自然人股东股权转让缴纳个人所得税的计算依据

1、有限责任公司的个人股东将本人持有的公司的股权转让给其他方，应当按照“财产转让所得”税目就其转让涉及的应纳税所得额缴纳个人所得税。

2、应纳税所得额及计算基础实际为个人股东转让股权的获利金额。根据《个人所得税》第6条第5款以及《个人所得税法实施条例》第22条的规定，个人股权转让以转让股权的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。这实际上就是指个人股东因股权转让的获利金额，或者说只有在溢价转让的情况下才需缴纳个人所得税。如果股权转让是平价转让或折价转让则不存在缴纳个人所得税的问题。

3、根据《个人所得税法》第3条第5款规定，个人转让股权所得的个人所得税税率为20%。因此，个人股东在股权溢价转让的情况下，个人所得税额的计算公式为：(股权转让收入-投资成本)×20%。