工程保证金应在工程竣工验收合格后一至两年返还。法律快车提醒您，质量保证金是由合同双方约定从应付合同价款中预留的，当标的物出现质量问题需要进行修理时用于支付修理费用的资金，一般为工程总造价的3%。
法律依据：
《建设工程质量保证金管理办法》第二条
本办法所称建设工程质量保证金（以下简称保证金）是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。缺陷是指建设工程质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定。缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，由发、承包双方在合同中约定。
