工商局备案版的股权转让协议与公司内部版的股权转让协议不一致，工商备案版的协议并不当然具有优先于非备案版的效力，应当综合考量协议签订目的、履行情况等因素判断当事人的真实意思表示。

《公司法》第三十二条第三款的规定，公司应当将股东的姓名或者名称及其出资额向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或变更登记的，不得对抗第三人。

根据法律规定和司法实务，股权转让后办理股权变更登记，仅对公司外的第三人产生法律效力，登记是否完成并不影响股权转让协议的效力，不影响股权受让方取得股权，起到的是对抗善意第三人的作用。

且法院在审理纠纷中也普遍认为，公司经过工商登记的文件不具设权效力，只具有公司的外部关系中的公示效力。在公司内部关系中，若有证据证明登记事项与事实不符，则登记事项的证明效力就会大大降低，工商登记备案的股权转让协议并不必然地具有更高的证明效力。

根据最高法的裁判规则及《民法典》规定，工商备案与公司内部股权转让协议不一致时，不能通过是否经过工商备案以及合同签订的先后顺序等方面简单的去认定，认定的核心和关键应当是结合实际情况综合考量哪一份合同为各方当事人的“真实意思表示”。也有法院认为，股权转让行为在工商登记管理机关签订的格式合同，工商局备案的股权转让协议不是双方关于股权转让事宜的真实意思表示。