第一，存在的法律依据不同。公司制企业依据公司法设立，受公司法调整；合伙制企业依据合伙企业法设立，受合伙企业法调整；个人独资企业依据个人独资企业法设立，受个人独资企业法调整。
    第二，组建方式不同。公司一般由两个以上投资人共同出资设立，投资人可以是自然人，也可以是法人。合伙企业由两个以上合伙人共同出资设立，合伙人一般为自然人。个人独资企业由一个自然人投资设立。
    第三，投资人与公司或者企业的财产关系不同，责任形式不同。公司股东的个人财产与其投入公司的财产彻底分离，股东以其出资额为限，对公司承担责任，即负有限责任。合伙企业合伙人的财产与合伙企业的财产相对分立，当合伙企业财产不足以清偿合伙企业债务时，合伙人以其投入合伙企业的财产以外的其他财产对合伙企业债务负连带清偿责任，即负无限责任。个人独资企业投资人的个人财产与企业财产不分离，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任。
    第四，法律地位不同。公司是企业法人，合伙企业和个人独资企业是非法人。
    第五，内部事务管理结构不同。公司设股东会、董事会、监事会，依照法定职权和公司章程的约定管理公司事务。合伙企业的合伙人依照合伙企业法的规定和合伙协议的约定管理合伙企业事务。合伙人对执行合伙企业事务享有同等的权利，可以由全体合伙人执行合伙企业事务，也可以由合伙协议约定或者全体合伙人决定，委托一名或者数名合伙人执行合伙企业事务。不参加执行合伙企业事务的合伙人有权监督执行合伙企业事务的合伙人，检查它们执行合伙企业事务的情况。个人独资企业的出资人可以自行管理企业事务，也可以委托或者聘用其他具有民事行为能力的人负责企业事务的管理。
    除了上述主要的区别外个人独资企业与公司和合伙企业相比，一般规模较小，设立条件较宽松，设立程序较简便，进入或者退出市场也较灵活。但是其公示性（主要指财务公开程度）不如公司和合伙企业，投资者的经营风险大于公司和合伙企业。投资者可以根据自己的投资取向，自愿选择适合自身发展需要的企业形式进行投资，进入市场，参与竞争。