当工程量清单与图纸所示内容出现较大出入，导致工程量变化超过招投标文件中约定的5%上限时，

按照相关法规和合同条款的规定，通常可按以下步骤处理：

1. **核实与沟通**：

   - 首先应核实差异的原因，可能是清单编制错误、设计变更或者招标文件不详尽等。

   - 及时与发包方进行沟通，书面记录并确认工程量的变化情况。

2. **依据合同条款调整**：

   - 查阅施工合同中的工程变更条款。在《建设工程工程量清单计价规范》（GB50500）

等相关规定中，一般会有关于工程量偏差范围内的处理方式。

   - 若合同中有明确规定，例如超出5%部分可以按照签证、增加或变更工程办理，

则根据这些程序办理手续，形成工程变更单。

3. **补充协议**：

   - 如工程量变化超出一定比例（如10%），可能需要签订补充协议来明确新增或减少的工程内容、

单价、总价以及工期调整等事项。

   - 确保施工单位具备继续完成变更后工程的资质条件。

4. **重新招标（特殊情况）**：

   - 在某些情况下，如果工程量的变化非常大，且超出了无需重新招标的范围，根据法律法规和项目

具体情况，可能需要重新组织招投标活动。

5. **备案与执行**：

   - 工程量的重大变更需向相关建设行政主管部门报备，并取得必要的批准手续。

   - 所有变更必须符合国家法律法规和行业标准，同时确保所有变更过程都留有书面记录，

作为结算和审计的依据。

总之，在处理此类问题时，关键是严格按照合同及法律规范操作，及时妥善处理工程变更，

保障各方权益不受损害。