《农村土地承包法》规定，土地经营权流转的价款，应当由当事人双方协商确定。流转的收益归承包方所有，任何组织和个人不得擅自截留、扣缴。
土地经营权流转的流转费，包括转包的转包费、出租的租金、转让的转让费，具体数额应当由流转方和受流转方在流转合同中协商确定。双方商定的流转费归流转方，即承包方所有。任何组织和个人不得擅自截留、扣缴流转费，以保障承包方流转土地经营权的收益不被侵犯。任何组织和个人擅自截留、扣缴土地承包经营权互换、转让或者土地经营权流转收益的，应当退还。
根据法律规定，承包方在自愿的前提下，可以与受让方平等地协商有关土地经营权流转事宜，如流转的方式、流转的期限、流转土地的用途、双方当事人的权利义务、流转的价款及支付方式等。由于土地经营权的流转遵循自愿、有偿的原则，那么，承包方不仅可以与受让方协商确定流转费用，还可以根据自己享有的承包经营权明确流转费用归承包方所有。任何组织和个人擅自截留、扣缴土地经营权流转收益的，都应当退还。
土地经营权流转合同应包括哪些内容
土地经营权流转，当事人双方应签订书面流转合同。土地经营权流转应采用书面形式签订合同，以明确双方的权利义务，减少纠纷。当事人没有采用书面形式签订合同，但已实际流转了，仍可认定土地经营权流转合同成立。承包方将土地交由他人代耕不超过一年的，可不签订书面合同。
土地经营权流转合同一般包括以下条款：双方当事人的姓名、住所；流转土地的名称、坐落、面积、质量等级；流转期限和起止日期；流转土地的用途；双方当事人的权利和义务；流转价款及支付方式；土地被依法征收、征用、占用时有关补偿费的归属；违约责任。
土地经营权流转的，承包方应将此类流转合同报发包方备案。不论发包方是否同意，都不影响该流转合同的成立。土地被依法征收、征用、占用时有关补偿费，需要明确说明归属问题，实践中时常会因为该等归属问题产生纠纷。
土地经营权流转期限为5年以上的，当事人可向登记机构申请登记。未经登记，不得对抗善意第三人。对土地经营权的流转进行登记，是指流转土地经营权的当事人，申请国家有关登记部门将土地经营权转包、出租、入股等流转的事项记载于不动产登记簿上。登记的主要目的在于将土地经营权变动的事实予以公示，使他人明确土地经营权的权利人。
登记制度是不动产物权制度的基石，具有极其重要的意义，但各国立法对于不动产物权登记有不同的态度：采用登记生效主义，即不动产物权的设立、变动不登记就不生效；采用登记对抗主义，即不登记不得对抗善意第三人。我国对于土地承包经营权的流转采用登记对抗主义，当事人签订土地承包经营权的流转合同，并经发包方备案或同意后，该合同即发生法律效力，不强制当事人登记。
农民承包的是本集体经济组织所有的土地，承包方案又是经村民会议通过的，聚集而居的农户对于自己和本集体经济组织的其他农户的承包地的情况应是清楚的，实际上已经起到了公示作用；调查结果表明，目前农户流转土地承包经营权的情况比较少，特别是向本集体经济组织之外的单位和个人流转的情况更少；变更土地承包经营权登记要履行一定的法律程序，并交纳相应的费用，可能会增加农民的负担。考虑到在某些情况下，土地承包经营权流转后，如果并未将变动的事实通过登记的方式予以公示，那么他人比较难以了解到土地承包经营权发生了变动，会因此受到损害。
《农村土地承包法》将登记的决定权交给当事人，当事人要求登记的，可以登记，但是出于登记成本的考虑，《农村土地承包法》规定流转期限为5年以上的，才有权要求登记。
未经登记，不能对抗善意第三人。也就是说，不登记将产生不利于土地承包经营权受让人的法律后果。比如承包户A将某块土地的经营权流转（如转包、出租等）给B，但没有办理变更登记。之后，A又将同一块地的经营权流转给C，同时办理了变更登记。如果B与C就该土地的经营权发生纠纷，由于C取得土地经营权进行了登记，他的权利将受到保护，B不能取得该地块的土地经营权。故为了更好地维护自己的权益，土地经营权的受让人最好要求办理土地经营权的流转登记。
