一真实案例： B 承包了 A 发包的工程厂，后将部分工程转包给 C （实际施工方），后 A 欠 B 合同款， B 欠 C 合同款。( A 、 B 、 C 签订《委托支付协议书》约定" B 经 C 同意委托 A 直接向 C 支付未结清的合同款，且在 A 未向 B 结清的合同款中扣减代为支付的部分"，后 A 未支付 C 的工程款。 C 公司起诉， A 、 B 公司要求支付未结清工程款。

其中涉及到的法律问题：

1、一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出已过诉讼时效期间抗辩能否得到法院支持？

    不能。但基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形除外。

2、工程款尚未结算，承包人提起诉讼的诉讼时效起算时间如何确定？

    在工程款尚未结算的情况下，往往难以确定工程款应支付的确切时间，承包人难以知晓权利被侵犯的确切时间，故一般不计算诉讼时效，但如有证据证明一方知道或应当对方拒绝结算的，从其知道权利受损害之日计算。

3、承包人能否以发包人未付清工程款为由拒绝交付建设工程？

     不能。承包人不得就不动产行使留置权，但其有权就建设工程价款享有优先受偿权。

4、建设施工合同被认定无效，承包人是否可以向发包人主张工程款？

    可以。发包人应参照实际履行的合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。

5、工程在竣工验收之前发包人已经投入使用的，其能否以工程未经过竣工验收为由拒付工程款，竣工日期如何确定？

发包人不能以此为由拒付工程款。建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。

6、承包人请求发包人返还工程质量保证金：的诉讼时效自何时开始起算？

  自竣工验收合格之日起计算的保修期满后开始计算诉讼时效。

注：若当事人约定的保修期低于法律规定的最低保修期限的，应自法律规定的最低保修期限后开始计算诉讼时效。

7、以上就是建设施工合同纠纷需要注意的几个问题，这类案件专业性很强，找律师一定要到正规专业的