一审败诉后，经律师认真分析上诉，二审转败为胜，经验告诉我们，合同履行瑕疵与合同履行的根本性违约导致的法律责任是有区别的。

律师观点分析

案情简述： 重庆某公司与成都某公司于2014年签订了《羊包虫协议》，主要约定：双方合作羊包虫疫苗政府招标采购事项。合作的前提为中央财政或地方财政配套资金将羊棘球蚴(包虫)病基因工程亚单位疫苗列入政府强制免疫对象:成都某公司负责促进中央财政或地方财政将羊包虫疫苗列入强制免疫补贴对象、地方政府采购单位的协调、中标地区的市场服务等工作并承担相关费用;重庆某公司设立双方共管的项目专用资金账户，负责按政府招标文件要求的内容和时间完成应标、标书制作及投标工作，负贵协助成某公司开展技术讲座、业务培训、抗体检测等产品推广工作并承担相关费用:重庆某公司按照比例向成都某公司支付服务费，支付时间为每笔政府资金实际到账之日起3个工作日内。双方约定协议自签订之日起生效，至2016年5月为止，一式贰份，双方各执一份，中央财政不列入强制免疫对象之日，协议自动解除;中央财政(包括地方财政配套资金)将羊辣球蚴(包虫)病基因工程亚单位疫苗列入政府强制免疫补贴对象之日起，合同长期有效。 2015年7月，重庆某公司股东刘某某（化名）与成都某公司法定代表人周某某（化名）签订《股份合作协议书》，主要约定:重庆某公司股份的15%转让给周某某;2015年羊包虫强制免疫经费实际到帐金额的15%在20日内分批支付给周某某作为前期市场开发费用:2016年1月1日至2020年12月31日，重庆某公司按照公司股份进行分红，保证周某某收益不低于包虫疫苗政府采购实际到账金额的10%;双方在股权变更之前原合作协议继续有效，股权工商注册变更之后原合作协议失效。 2015年11月，刘某某与周某某签订《补充协议》,对2015年7月签订的《股份合作协议书》进行调整。

主要约定:刘某某和徐某某引进新的投资股东，新股东注资后公司资产达到两亿，刘某某和徐某某出让的股份不超出60%;周某某拟持有的公司股份由15%下降为10%;如果第二份协议不能执行，则第一份协议有效。 2015年11月4日,刘某某与周某某、朱某某三方签订《股份转让协议书》，约定:刘某某和徐某某承诺给周某某10%的股权及服务费用采用现金方式分两次支付，总计支付3000万元，协议签订后的10日内支付第一次1500万元,在2015年12月31日前支付第二次1500万元;朱某某愿受让刘某某、徐某给周某某承诺的10%的股权及转让的价格分两次支付，支付时间同上，3000万元支付完毕，前面三份合同同时作废;如果刘某某、徐某某二人或朱某某违约，则继续执行2015年11月签订的合同。 5、2015年12月，周某某签名同意一份《付款确认函》,载明:1.第一笔资金的1500万元在12月30日前按照11月4日周某某出具的书面材料为准支付;2.第二笔1500万元的支付时间及每个人的收款金额以三人共同签字的确认函为准，最后一笔资金支付的时间在 2016年1月10日前。 刘某某就愿意按协议约定向周某某等支付3000万元，以了结与周某某之间的合作。但当刘某某支付了2400万元时，周某某三股东中两股东均愿意将应分得的各300万元拿出来入股到刘某某的公司，换取刘某某公司1%的股权，所以刘某某就不用再支付未支付的600万元。 周某某就因此以刘某某未按《股份转让协议》约定履行，而将刘某某的公司重庆某公司起诉至成都温江区人民法院，要求刘某某的重庆某公司继续履行第一份《羊包虫协议》。

一审人民法院经审理认为，刘某某的重庆某公司未按《股份转让协议》约定履行，对成都某公司要求继续履行《羊包虫协议》予以支持，但成都某公司不能同时依据《羊包虫协议》和《股份转让协议书》享受权利，既然继续履行《羊包虫协议》，则依据《股份转让协议书》已经取得的款项也应返还重庆公司，但鉴于重庆某公司未提起反诉，本案不做处理，双方可协商处理或另案解决。综上，重庆某公司未全面按约履行《股份转让协议书》，按照双方的约定，应当继续履行《羊包虫协议》，成都某公司的诉讼请求具有事实和法律依据，予以支持。据此，一审法院依照合同法第六条、第八条、第六十条第一款、第一百零七条《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四之规定，判决:成都某公司与重庆某公司于2014年签订的《羊包虫协议》合法有效并继续履行。案件受理费100元，由重庆某公司负担。

重庆某公司对一审判决不服提出上诉，在二审审理期间，委托了北京市新航律师事务所石天堂律师，经过石律师分析认为： 律师观点： 重庆某公司的虽然未完全依照《股份转让协议书》，也属于事出有因，成都某公司的周某某的另外两名股东将重庆某公司应支付的各600万元而本应由两名股东各自收取的300万元共计600万元拿出来换取重庆某公司各1%共计2%的股份，重庆某公司未再向成都某公司支付600万元，仅能够认定为合同的瑕疵履行，而不能认定为根本性违约，重庆某公司不再支付未支付的600万元，也不能导致《股份转让协议书》的合同目的不能实现，成都某公司周某某已经拿到了自己应分得的2400万元中的全部份额，