一、公司内部文件对确定股东股权的作用

（一）公司章程

有限责任公司的股东姓名(名称)是章程的必要记载事项，当股东发生变更时，需修改章程。因此，章程关于股东及其持股比例的记载，对于确定有限责任公司的股东资格和股东权比例具有极高的证明效力。同时，由于章程是工商登记必须提交的文件之一，因此章程对于股东权的证明作用便转化为工商登记对于股东权的证明作用。但需要指出的是，工商登记不具有设权效力，只具有证权功能，而且这种证权功能最主要的是体现在公司的外部关系中。因此，在公司内部关系中，如果发生章程的记载与出资证明书、股东名册不一致时，章程对于股东权的证明作用就会大大降低。

（二）关于出资证明书

它是有限责任公司的投资人证明自己已履行出资缴付义务的法律文件，也是投资人向公司申请将自己记入股东名册的重要依据。出资证明书对于确定有限责任公司的股东权起到什么作用，学界存有一定分歧。有学者认为，出资证明书只是证明持有人出资行为的证据，并不具有证明股东资格的功能。出资证明书是一种权利证书，具有证明股东资格的效力。

通常认为，既然公司法规定有限责任公司成立后应当向股东签发出资证明书，那么出资证明书一经签发并为股东所持有，它无疑应成为证明股东权的重要证据，特别是在没有置备股东名册的公司中，对于确定出资证明书持有人的股东权，显得尤为重要。

（三）关于股东名册

它与工商登记同样不具有设权效力，只具有证权功能，但两者的区别在于股东名册的证权功能体现在公司的内部关系中。

公司法第三十三条规定，“记载于股东名册的股东，可以以股东名册主张行使股东权利。”

这一规定表明，股东名册对于有限责任公司股东权的确定，在法律上被赋予推定的效力。具体而言：

1. 股东名册在公司内部对于股东权的确立具有很高的证明效力，若不存在足以推翻的反证时，公司以股东名册上记载的股东为股东，股东也是依据股东名册上的记载行使股东权利。

2. 股东名册对公司和股东具有约束力，各股东之间股权份额的确定以股东名册的记载为依据，股东向公司行使权利时以股东名册的记载为依据，公司依据股东名册履行职责后可以获得免责。

3. 鉴于目前工商登记不强令要求将股东名册报备、登记的现状，未经登记或有效公示的股东名册对外不发生效力。

二、投资协议对确定股东权的作用

实践中，设立有限责任公司的投资者常常在启动公司设立程序之初订立一份类似股份有限公司发起人协议性质的投资协议，具体名称或称合作经营协议，或称股权投资协议等。该协议是拟投资公司的投资者之间订立的确定各投资者之间有关设立公司的权利义务的书面文件。其内容由投资者协商确定，一般包括以下内容：投资者的基本情况；拟设立公司的名称、住所、注册资本、经营范围；投资者的投资数额与方式；投资者的权利义务等。

与旨在规范成立后的公司及其成员行为的公司章程不同，投资协议重在明晰和规范投资者在公司设立阶段的权利义务。故一般认为，在公司成立以后，投资协议对公司成员不再具有约束力，其相应的功能随即让位于公司章程。

三、投资协议(公司内部约定)与公司章程(公司登记)不一致时股东权的司法认定

股东权的司法认定，在处理公司内部关系时，一般以股东名册为依据，在处理公司外部关系时，以公司登记机关的登记作为确认股权的依据。如公司没有置备股东名册，但股东之间有投资协议，而且该协议约定关于各股东所持股权的记载与公司登记机关存档的公司章程记载不一致。在此情况下，如何确认双方股东的股权呢？

从公司章程和投资协议各自在公司中的地位及其证权作用出发，在处理有限责任公司内部关系的案件中，当投资协议与公司章程不一致时，对于股权的确认，原则上应当以公司章程为依据，有特殊情况的除外。除外情形，即不是以公司章程(公司登记)为依据，而是以发起人协议(内部约定)为依据来确认股权的情形，具体如下：

（一）公司登记委托中介机构代理，公司章程非股东本人签署

这种情况在由自然人投资、规模较小的公司中比较常见。这些小型公司往往注册在“经济开发区”“私营经济城”中，由专门的企业登记代理机构接受委托代办注册，提供为公司垫资、验资、工商登记、税务登记等一条龙服务。其中作为公司登记必备文件之一的公司章程，一般也是由代理机构人员签署，但章程的重要事项和特殊事项根据股东中直接委托方的意思制定。实践中，“私营经济城”出于招商引资的需要，代理机构出于赚取代理费的需要，它们对于应当由自然人股东自己签署的文件常未予严格把关，对于委托人的授权常未予严格审核，从而导致股东之间对于公司登记的后果产生纠纷。

（二）投资协议由各股东本人订立，真实反映了各股东的真实意思

以发起人协议作为依据来确认股权的前提条件，首先是公司章程非股东本人签署。此外，还需查证有下列部分或全部事实，从而与发起人协议相互印证：(1)缴纳出资的凭证，如出资证明书、付款凭证等反映出各股东的投资份额；(2)股东表决权在行使过程中反映出各股东所代表的股权份额；(3)股东盈余分配上反映出各股东所实际持有的股权份额。

（三）股东在后一致签署的文件有权改变在先制定的公司章程

根据公司法第三十八条的规定，股东会行使修改公司章程的职权；股东以书面形式一致表示同意的事项，也可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签章。

根据这一规定，即便公司章程关于股权份额的记载对于各股东有约束力，但事后全体股东可以以一致决定的方式(如签署确认书、签订协议等)对股权份额重新予以确定。因此，在公司章程之后形成的一致决定，不论其性质是对持股比例的内部划分，还是对股权份额的变更，均不影响其对公司内部股权关系的约束。